单细胞ATAC-seq
表观基因组信息为基因调控提供了更深入的了解,但由于单个细胞(即使是同一类型的细胞)可能具有不同的表观基因组,这一事实变得复杂。我们的ICELL8平台提供了高通量解决方案,能够在4 - 5小时的片上自动化工作流中从> 1000个细胞生成单细胞ATAC-seq (scATAC-seq)库。
表观基因组信息为基因调控提供了更深入的了解,但由于单个细胞(即使是同一类型的细胞)可能具有不同的表观基因组,这一事实变得复杂。我们的ICELL8平台提供了高通量解决方案,能够在4 - 5小时的片上自动化工作流中从> 1000个细胞生成单细胞ATAC-seq (scATAC-seq)库。
ATAC-seq:生成全基因组染色质可达性图
ATAC-seq代表一种ssay为T.ransposase-一种ccessibleChromatin使用SEQ.元代。ATAC-seq用于染色质可及性的全基因组定位,并使用异常活跃的Tn5转座酶选择性地将DNA适配器插入可及的染色质位点。接插件连接的DNA片段通过聚合酶链反应(PCR)进行扩增,用于生成序列准备库。该方法是研究基因表达调控动态的有力工具,并允许同时检查基因组DNA对转录因子的可及性和调控位点的核小体位置,同时提供染色质可及性的全基因组图。
ICELL8平台上的ATAC-seq
我们的ICELL8平台可以实现简单,相对便宜的SCATAC-SEQ工作流程,与现有方法相比,吞吐量增加了20倍。我们的技术允许使用ICELL8单细胞系统(CAT。No.640000)和CellSelect软件自动地生成来自> 1,000可活细胞的ATAC-SEQ数据。然后将该芯片转移到Icell8芯片循环仪,其中片上进行标记,分度和PCR扩增。扩增后,汇集全长扩增子,纯化,纯化的cDNA被扩增,得到最终测序的内容。
概述
- 图书馆复杂度高每个细胞有超过13000个独特的片段
- 良好的信噪比 -在转录起始位点,预期reads的富集超过10倍
- 健壮的集群化—pbmc的应用数据显示,B、T和单核细胞的聚集性很强
更多信息
应用程序
- Illumina平台的高通量scATAC-seq库生成
- 核小体映射
- 转录因子占用率的测定
组件
完成该工作流程需要完成以下事项:
ICELL8单细胞系统(Cat。# 640000) | ||
---|---|---|
猫。# | 产品 | 每件物品每次: |
640196 | Icell8空白芯片试剂盒 | 1片 |
640183 | ICELL8 250 v芯片 | 1运行 |
640048 | ICELL8收集装备 | 1片 |
640018 | MSND 384-Well Source Plate and seal * (20/pack) | 4片 |
640037 | MSND 384孔源板和密封件*(120 /包) | 24片 |
协议所需的其他Takara Bio试剂: | ||
RF001A | e2TAK DNA聚合酶 | |
639132 | 优势Ultrapure DNTP组合套件(每个DNTP 100 mm) |
*笔记:猫。640018号包含足够的板材和4个芯片的薄膜。如果您计划处理更多芯片,猫。美国专利640037拥有足够的板和密封膜,最多24个芯片。
更多的产品信息
有关存储条件、产品部件、技术规格等信息,请参见产品分析证书。请参阅套件组件清单确定套件组件。分析证书和套件组件清单位于“文档”页签下。
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