介绍和目标
CRISPR / Cas9是什么?使用集合库进行全基因组敲除的优点是什么?确定对你观察到的表现型负责的基因的最好方法是什么?
在本次网络研讨会中,Thomas Quinn讨论了使用聚合慢病毒sgRNA文库的全基因组CRISPR/ cas9敲除筛选的设计和执行。他还描述了它的特点和好处指南- CRISPR全基因组sgRNA文库系统NGS分析试剂盒,一个完整的解决方案,旨在使慢病毒CRISPR/Cas9筛选对所有人都可用。
本次网络研讨会将按照给出的顺序进行展示,但分成了小的部分,所以你可以直接跳到你最感兴趣的主题。
Takara Bio USA, Inc.病毒学组长万博体育投注manbetx登录
托马斯于1992年获得密歇根州立大学遗传学动物学学士学位。1997年,他在韦恩州立大学(Wayne State University)获得了分子医学和遗传学硕士学位。他的论文工作集中在针对黑色素瘤和肺恶性肿瘤的CAR-T治疗中应用的病毒载体系统的开发。自1998年以来,他一直在Takara Bio USA, Inc.担任万博体育投注manbetx登录组长,专注于高效病毒传递产品的开发,包括腺病毒、逆转录病毒、慢病毒和AAV系统,以及基于CRISPR/Cas9的基因组编辑产品。
引导RNA库与RNAi、阵列库与池库的优势和挑战是什么?挑战包括使用有效的引导RNA设计,确保库的复杂性使您能够筛选整个人类基因组的目标,生产足够数量的高质量慢病毒,并在所有处理步骤中保持库表示。
了解慢病毒载体和库中的引导rna是如何设计来最大化性能,并用于预测、选择和检测活性引导rna。还了解布鲁奈罗文库算法的优点,每个基因的引导数的优化,以及它们在文库中相对于彼此的表示。引导rna在质粒库中的表现如何与它们在由质粒库产生的病毒中的表现相关联?
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介绍和目标
CRISPR / Cas9是什么?使用集合库进行全基因组敲除的优点是什么?确定对你观察到的表现型负责的基因的最好方法是什么?
全基因组sgRNA文库筛选概述
进行全基因组筛查有哪些可能的方法和需要考虑的要点?以耐药性表型筛查为例,了解传递耐药性或药物敏感性的敲除基因如何被下游的NGS分析识别。
联合图书馆的优势和挑战
引导RNA库与RNAi、阵列库与池库的优势和挑战是什么?挑战包括使用有效的引导RNA设计,确保库的复杂性使您能够筛选整个人类基因组的目标,生产足够数量的高质量慢病毒,并在所有处理步骤中保持库表示。
我们为什么选择Brunello算法,如何测试它的有效性
了解慢病毒载体和库中的引导rna是如何设计来最大化性能,并用于预测、选择和检测活性引导rna。还了解布鲁奈罗文库算法的优点,每个基因的引导数的优化,以及它们在文库中相对于彼此的表示。引导rna在质粒库中的表现如何与它们在由质粒库产生的病毒中的表现相关联?
全基因组文库筛选的工作流程和时间表
了解更多有关工作流程时间表、获取每个细胞含有Cas9和单个引导RNA副本的转导细胞的步骤,以及这些步骤所需的大约时间。
创建一个可筛选的Cas9稳定细胞系
在筛选之前,更深入地了解创建完美的Cas9+稳定细胞系的过程。为什么要测试不同的MOI水平?Cas9的表达随时间的推移是否一致?
库的制备、滴定和转导
有了这个简单易用,一体机格式的指南RNA库,你需要做的就是加水!参见数学演示你需要多少病毒和你需要转导多少目标细胞。了解我们的图书馆设计如何减少您的工作量。
完成后对图书馆进行筛选
了解下游过程,如大规模DNA分离、NGS库制备、数据分析,以及从何处获取库的序列信息。
实际筛选实验的演示
了解我们从头到尾进行的文库筛选,以确定涉及6-硫鸟嘌呤(6-TG)抗性的基因。另外,请参阅测序数据和有用的基本分析工具的描述。
网络研讨会总结
Thomas Quinn总结了网络研讨会的重要信息。我们的优化设计克服了与文库筛选相关的许多困难,如保持导向rna的代表性和最大化对靶编辑。