Oligo设计工具检测精确插入使用指南-it筛选分析
![](http://www.yamajr.com/learning-centers/gene-function/gene-editing/crispr/cas9-knockins/images/320-Gene_Editing/AA-EyeCandy/Dual_color_Guide-it_oligo_design_tool_eye_candy.png)
每个插入筛选分析使用指南-敲入筛选试剂盒包括寡聚体的应用,旨在检测插入序列与周围基因组目标位点之间的无缝5'和3'连接。为了简化oligo设计过程,我们开发了下面的软件工具。编辑成功后,您需要输入(在5'→3'方向)插入序列的5'和3'节点与目标位点对应的4个序列片段。(详见下图)
- 生成检测5'结的寡聚体:
- 在插入的上游输入野生型序列5'(1)
- 输入插入的5'终端序列(2)
- 生成检测3'结的寡聚体:
- 输入插入的3'终端序列(3)
- 进入野生型序列3'下游的插入(4)
提交四个序列后,该工具将输出位移、扑动探针、野型控制和敲入控制寡聚体,用于分析5'和3'连接。
注意:该工具设计oligo探针来筛选长度超过一个核苷酸的插入;它没有设计用于筛选单核苷酸替换的探针。
设计用于检测单核苷酸替换的寡聚体,请使用我们的SNP筛选试验的设计工具.
设计工具指南:
输入序列应由至少35个碱基组成,且不能超过1000个碱基。
注意:请小心避免在输入序列时包含额外的空格,因为这些空格将被解释为输入的一部分,并可能返回错误消息。
例子:
5'连接序列(WT序列5’相对插入,5'端子插入顺序): 5 ' -…AACTTTCTATCCGTCCGCGTCAGCGCCTTGCCACCCTCATCTCCAATATGgtgagcaagggcgccgagctgttcaccggcatcgtgcccatcctgatcga…… |
3'连接序列(3'端子插入序列,WT序列3’相对插入): ccgccatcacccacggcatggatgagctgtacaagtccggcggcggaatg…GTATGGCGGCCCTTCCATGATCCCCGCCTCTCCCAGAAGCCCTGACTCCT…3 ' |
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