Oligo设计工具guideit SNP筛选试验
![](http://www.yamajr.com/learning-centers/gene-function/gene-editing/creating-and-screening-for-snps/images/320-Gene_Editing/AA-EyeCandy/Dual_color_Guide-it_oligo_design_tool_eye_candy.png)
每个SNP检测使用指南-敲入筛选试剂盒涉及寡聚体的应用,旨在检测特定基因组位点上的特定替代。为了简化oligo设计过程,我们开发了下面的软件工具。输入与您希望筛选的两个等位基因相对应的序列(例如,您的基因组目标序列的野生型/未编辑版本和SNP/编辑版本),该工具将输出置换、flap-probe、野生型控制和SNP控制寡核苷酸用于您的分析。
注意:该工具设计的oligo探针只用于筛选单碱基替换,而不用于插入。
- 若要设计用于检测基因组靶区多重替换的寡聚体,请参阅“检测多个编辑“在用户手册中。
- 要设计用于检测靶向插入的寡核苷酸,请参阅指南-敲入筛选套件用户手册.
设计工具指南:
- 编辑的输入序列必须只包含一个SNP。
- 未编辑和编辑的输入序列必须具有相同的长度。
- 输入序列长度不能超过1,000个碱基。
- 输入序列应由SNP位点两侧至少35个碱基组成。为了优化探针设计,我们建议在每一侧包括≥50个碱基。
注意:在输入序列时,请小心避免包含额外的空格,因为这些空格将被解释为输入的一部分,并可能返回错误消息。
若要设计oligos来并行检测多个替换,请参阅“检测多个编辑“在用户手册中。
例子:
编辑前序列:GTCCGAGAACACCTTTATTGTGCACGTCCCCCGCAGAGCAGCCTC一个GGCGTCCTGGTAGTAGTTGTTGAAGTTGATGCGCAGCAGAAAGT
编辑后序列:GTCCGAGAACACCTTTATTGTGCACGTCCCCCGCAGAGCAGCCTCCGGCGTCCTGGTAGTAGTTGTTGAAGTTGATGCGCAGCAGAAAGT
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