更智能的比赛5'/ 3'套件 - 智慧PCR cDNA合成中的进步
使用改进的SMARTer RACE套件,在具有挑战性的目标中获得更好的结果
- 增强的性能,尤其是长碎片
- 更容易处理和改善反应条件
- 全套试剂盒包括聚合酶试剂和克隆试剂
全长cDNA合成得到升级
一个基因可以为多个蛋白质编码,这一点已被证实。因此,掌握5'-和3'-序列信息是很重要的,以便更多地了解来自单个基因的不同转录本。全长cDNA提供了有关这些末端序列的具体信息,从而提供了更好的转录变异数据。研究人员通常依靠cDNA Ends的快速扩增(Rapid Amplification of cDNA Ends, RACE)来获得RNA转录本的全长序列。如果你的工作只有几个基因,RACE比新一代测序(NGS)。
为了增强RACE程序,我们创建了一个包含自己的SMART (RNA模板5'端开关机制)技术的试剂盒。由此产生的SMARTer RACE cDNA Amplification Kit已被广泛用于5'-和3'-RACE应用,并在数百篇出版物中被引用。现在,我们已经开发了一种新的试剂盒-具有相同的独特的SMARTer核心(图1),以及在反应条件和下游克隆方面的进一步改进。这个新智能RACE 5'/3'套件在易用性和性能上都优于它的前身(图2和3)。
更聪明的cDNA合成的好处
新的RACE套件保留了以前套件的所有好处,包括先进的第一链cDNA合成技术,这使得这个过程快速且相对简单。通过将SMARTer II A寡核苷酸与SMARTer II A寡核苷酸配对,该试剂盒提供了更高的敏感性和特异性,以及更低的背景(图3)SMARTScribe逆转录酶.更聪明的第一链cDNA可以直接用于5'-和3'-RACE PCR反应,而不需要其他RACE试剂盒包含的有问题的适配器连接步骤。
在核心SMART技术的基础上,新试剂盒的协议已经进行了修改,以适应更大的RNA输入量,并包括更大的反应量,这两项都使处理更容易。
一个完整的解决方案RACE:合成,克隆,鉴定与一个单一的试剂盒
更智能的RACE 5'/ 3'套件包含所有必要的组件(保存基因特异性引物)以简化您的过程。通过这种单套件,您可以开始第一链cDNA合成,并通过克隆群碎片 - 所有八个小时内所有克隆碎片,在第二天开始恢复成功的克隆以进行分析(图2,表II)。
除了关键的SMARTer试剂,该试剂盒包括Seqamp DNA聚合酶,提供了强大的PCR性能,特别是在长或富gc的挑战性目标的扩增中(图3,表I)。
样本 | 目标 | 转录长度(BP) |
GC含量(%)
|
比赛产品尺寸(BP)
|
产品(Y / N)
|
新的序列(bp)
|
1 | Map1a. | 10537年 | 54.56 | 1,591 | y | 13 |
2 | MAP1B. | 11996年 | 42.35 | 1795年 | y | 0. |
3. | SPTBN1 | 10238年 | 42.80 | 1633年 | y | 32 |
4. | SLC1A2 | 12021年 | 42.20 | 2014年 | y | 73 |
5. | DYNC1H1 | 14361年 | 47.06 | 1999年 | y | 36 |
6. | PKD1 | 14135年 | 63.16 | 2329年 | y | 21 |
7. | 我们将 | 14,668 | 63.68 | 1.516; > 2000 | y | 16 |
8. | NRXN1 | 10626年 | 35.78 | 2110年 | N. | N/A |
9. | PCLO | 22,288 | 33.82 | 2269年 | y | 59 |
10 | HOOK3 | 14,460 | 40.55 | 2318年 | y | 0. |
表1 .新试剂盒扩增5'-RACE片段数据表使用SMARTer RACE 5'/3' Kit提供的组件克隆扩增子(如图3中凝胶的左半部分所示),用Sanger测序进行验证,并检查额外的、未注释的碱基(显示在数据表的极右一列)。
包括受欢迎的融合高清克隆套件
新的智能RACE 5'/3'套件包括核酸旋蛋白凝胶和PCR清理试剂盒, 一个融合高清克隆试剂盒,恒星主管细胞.SeqAmp DNA聚合酶扩增的PCR片段末端钝,使它们非常适合于In-Fusion协议,使克隆变得容易,即使是大的扩增子。
在试剂盒中提供了一种与融合技术兼容的线性化克隆载体,包括附带的引物旨在与此载体特异性匹配。您还必须根据我们上市的指南设计自己的基因特异性底漆,以确保只克隆您所需的5'-或3'-血片段。当用完时,令人智能的cDNA合成和融合克隆的高效性质创造了一个非常快速,优化的系统,将您从RNA从RNA到成功的克隆,准备分析,只需两天(图2和3,表I和表格II)。
表II:智慧播种CDNA套件组件的比较* | |
全新智能赛车5'/3'套件 | Old SMARTer RACE cDNA Amplification Kit |
核心技术组成部分(SMARTer cDNA第一链合成试剂、5'-和3'- race PCR通用引物组合、对照RNA及引物;引物已经过修改,以配合新试剂盒使用。的) | 核心技术组成部分(SMARTer cDNA第一链合成试剂、5 ' -和3 ' - race PCR通用引物混合、对照RNA和引物) |
SeqAmp DNA聚合酶。 | 不含DNA聚合酶。 |
融合克隆试剂(包括线性化的pRACE)载体,融合高清克隆试剂盒,恒星胜任细胞)。 | 不含克隆试剂。 |
PCR凝胶提取试剂盒。 | PCR凝胶提取试剂盒。 |
套件之间的差异以粗体显示。
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