ICELL8引用
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2021
Iacobucci,我。et al。通过造血基因组编辑红细胞白血病的建模和靶向。血137.12,1628 - 1640(2021)。
在这篇论文中,圣犹大儿童研究医院的研究人员使用了ICELL8单细胞系统急性红系白血病(AEL)是一种罕见的、侵袭性的急性髓系白血病(AML),预后差,遗传基础不确定,围绕诊断存在争议.该小组的临床前模型表明,组合突变模式与红白血病的药物敏感性有关,这对推进癌症治疗具有重要意义。
密尔兹,m . P。等.单细胞分辨率下的多因子染色质调控景观。bioRxiv2021.07.08.451691(2021)。
在这项研究中,Fred Hutchinson癌症研究中心的研究人员开发了多靶标标记(MulTI-Tag)方法ICELL8单细胞系统.这种多因子分析方法可以检测和比较同一样品中不同的染色质相关蛋白,并优化以保持对同一细胞内多个染色质目标的高灵敏度和特异性。通过MulTI-Tag方法获得的测序结果可以用于全面的细胞类型鉴定,以及发现与基因调控发育和疾病相关的新型组蛋白关联。
Schlusche, a K。et al。发育性HCN通道病导致小鼠神经祖细胞增殖减少和小头畸形。bioRxiv2021.04.24.441237(2021)。
在这篇论文中,科隆大学和德国神经退行性疾病中心(DZNE)的研究人员研究了离子通道功能在小鼠神经干细胞中的重要性。的ICELL8单细胞系统被研究小组用来检测清晰的亚基簇(Hcn1-4),以最终提示HCN(超极化激活的环核苷酸门控阳离子)通道的新作用。他们的发现表明,神经干和祖细胞的细胞周期调节与皮质发育有关,并可能导致大脑畸形,如小头畸形。
Zowada m K。et al。人结直肠癌起始细胞分化的功能状态。癌症13.5,1097(2021)。
本文中,研究人员来自国家肿瘤疾病中心(NCT)和德国癌症研究中心(DKFZ),海德堡,德国通过将结直肠癌细胞与正常肠道细胞进行比较,发现结直肠癌细胞的特征上皮细胞数量使用使用ICELL8单细胞系统.研究发现,生理和病理亚群在细胞生长和能量代谢方面表现出不同的模式,与CRC肿瘤启动活性有关。
2020
杰克逊:D。et al。单细胞和群体转录组学揭示2型高哮喘的泛上皮重塑。细胞的报道32.1107872(2020)。
在这篇论文中,加州国家犹太健康中心的研究人员展示了过敏性哮喘如何从根本上改变人类气道,使鼻腔上皮细胞难以清除污染物和对抗感染。使用ICELL8单细胞系统对于scRNA-seq,他们能够检测IL-13刺激的细胞,IL-13是过敏性哮喘的关键信号蛋白。他们的结果提出了恢复正常上皮功能的治疗策略。
小林,S。et al。整合体和单细胞rna测序确定了疾病相关单核细胞和系统性硬化背后的基因网络模块。j . Autoimmun。102547(2020).
来自东京大学过敏和风湿病学系的研究人员利用了这一方法ICELL8单细胞系统整合整体和单细胞rna测序,以识别系统性硬化(SSc)背后的疾病相关单核细胞和基因网络。这些单核细胞簇可能成为SSc治疗的新候选靶点。
Krieger, t·G。et al。使用人脑类器官和单细胞转录组学模拟胶质母细胞瘤的侵袭。神经。肿瘤防治杂志。22,1138 - 1149(2020)。
德国癌症研究中心(DKFZ)的研究人员讨论了他们的胶质母细胞瘤(GBM)实验模型,使用人类大脑类器官的支架。共聚焦显微镜结合GBM细胞与类器官细胞共培养前后的scRNA-seqICELL8单细胞系统产生了混合球体的图像。
利特金斯,新罕布什尔州。et al。在单细胞水平上对少细胞样本的转录组和T细胞受体α / β (TRA/TRB)组合试剂盒的验证。前面。Immunol。111999(2020)。
在这项研究中,研究人员试图在单细胞水平将转录组学与TRA和TRB克隆型数据相结合,特别是寻找分析稀疏细胞分布的临床样本的方法。的ICELL8单细胞系统成功地将该方法用于两种不同的细胞系,使用富含CD3+ T细胞的临床样本,导致不同的转录组谱。这些发现可以促进未来的研究,以检查单一T细胞在异质样本中的反应,并导致改进治疗。
任,Z。et al。单细胞进展轨迹重建揭示了病理性心肌肥厚的干预原则。循环(2020).
阜外医院的研究人员使用了ICELL8单细胞系统更好地理解细胞类型对成人心脏功能的重要性,特别是与心肌肥厚有关。心脏由多种类型的细胞组成,在心脏疾病中表现出不同的生物学行为。在从健康状态发展到肥厚状态的过程中,对各种细胞类型的作用的认识以前非常有限。研究人员能够使用ICELL8系统的纳米分配器和细胞活力检测功能来描述心肌细胞和非心肌细胞。他们的分析揭示了病理性心肌肥厚过程中细胞类型的动态变化,并阐明了可能的干预策略。
Sunaga-Franze, d . Y。et al。植物单核rna测序。bioRxiv2020.11.14.382812(2020)。
在这篇文章中,MDC Berlin的研究人员介绍了一种新的植物核分离和测序技术(PN-seq)。的ICELL8单细胞系统基于纳米well的方法导致了共同调控基因的识别和对基因网络的理解。他们的工作有助于扩展目前的植物细胞图谱信息,并适用于广泛的多样化,复杂的植物组织。
王,L。et al。在心衰和恢复期间,成人心脏的单细胞重建揭示了潜在心脏功能的细胞景观。Nat,细胞生物。22,108 - 119(2020)。
心肌细胞的脆弱性对成人心脏细胞图谱的发展提出了挑战,使其难以描述与心脏功能相关的细胞行为。使用ICELL8单细胞系统为了克服这些局限,北京阜外医院的研究人员能够识别心肌细胞中的差异表达基因。他们的成功在很大程度上要归功于ICELL8系统的大口径MultiSample纳米分配器,它能够温和地分配大型细胞类型,包括心肌细胞。使用ICELL8系统和3’DE纳米井芯片,他们能够正确捕获、可视化和研究来自14个供体的>12,000个细胞。他们对细胞组成和细胞相互作用网络的系统分析表明,心肌细胞收缩力和代谢与心脏功能的变化高度相关。
王,Y。et al。小鼠成纤维细胞的单细胞分析确定新生儿到成人的转换调节心肌细胞成熟。自然通讯11,2585(2020)。
在这篇论文中,阜外医院的研究人员确定了心脏成纤维细胞在促进心肌细胞成熟中的作用,并提出了这可能如何影响疾病进展和再生。他们的方法包括用scRNA-seq生成数千个小鼠心脏细胞在出生后不同发育阶段的转录组谱ICELL8单细胞系统.他们的发现表明了一些重要的途径可以被用于调控目的。
吴,L。et al。高通量单细胞CNV检测揭示肝细胞癌复发过程中的克隆进化。bioRxiv2020.12.09.417626(2020)。
在这篇论文中,中国深圳华大基因的研究人员使用ICELL8单细胞系统检测拷贝数变异(CNVs)。不像传统的大量方法通常会掩盖关键信息,研究人员转而选择单细胞分析,使他们能够更详细地调查细胞间的遗传异质性。他们的方法为了解肝癌(HCC)等癌症的异质性和进化提供了全面和可扩展的解决方案。
吴,s . J。et al。发育和肿瘤进展中染色质沉默程序的单细胞分析。bioRxiv2020.09.04.282418(2020)。
在这篇论文中,研究人员着手开发一个可扩展的分析沉默染色质的框架。他们使用了一种单细胞平台变体CUT&Tag(scCUT&Tag)以开发复杂组织的染色质景观。成像能力ICELL8单细胞系统通过去除带有空细胞或多个细胞的双峰和井,极大地简化了QC。他们的工作可以帮助解码基因表达背后的表观遗传过程,从而更好地理解异质细胞群中的疾病状态。
心脏中单细胞RNA测序的综述。Int。j·摩尔。科学。21,8345(2020)。
在本出版物中,来自东京大学的心血管研究人员综述了各种scRNA-seq平台,特别强调心血管疾病研究的应用。他们找到了大口径喷油器ICELL8单细胞系统它具有从稀释的细胞悬液中分配单个心肌细胞的能力,具有很高的价值。
2019
Kaya-Okur, h·S。等.小样本和单细胞的高效表观基因组分析的切割和标记。bioRxiv568915(2019)。
本出版物描述了一种新的高通量表观遗传学分析的发展,称为CUT&Tag,允许高分辨率染色质定位。CUT&Tag方法是通过对研究人员现有的CUT&RUN酶系技术进行修改而开发的,该技术可以获得转录因子结合的DNA复合物进行测序。修改的重点是允许发展pcr富集准备片段,这大大提高了检测的灵敏度范围,并允许其用于单细胞分析。对于单细胞的CUT&Tag,研究人员利用了ICELL8单细胞系统的能够温和地分配样品和成像的能力,处理渗透细胞与抗体预处理的必要的分析。此外,通过SmartChip阵列单独索引单个细胞的能力,简化了该方法,否则需要单独条形码Tn5复合物。
金,S。等.富含视锥细胞的人视网膜类器官的生成、转录组分析和功能验证。PNAS116年,10824 - 10833(2019)。
尽管干细胞衍生的类器官正在成为强大的疾病建模工具,但在许多领域,这些模型的全面转录分析和功能验证仍是需要的。本研究的作者对建立富含锥体的视网膜类器官作为人类黄斑/中央凹的模型很感兴趣。的ICELL8单细胞系统其分配细胞和细胞核的能力被用于从器官和细胞核(黄斑)悬浮液中捕获,并生成scRNA-seq文库。该系统的成像能力还用于质量控制,以选择真正的单活细胞或单核,同时消除有团块或碎片的井。从8个月大的视网膜类器官中提取的1130个单个细胞的转录组谱显示,锥状细胞富集与显微镜分析一致,并证实了在类器官中观察到的细胞类型的已知细胞特异性标记物的存在。此外,单细胞转录组显示在视网膜类器官和人类黄斑的匹配细胞类型之间具有高度的一致性。
Krieger, t·G。等.使用人脑类器官和单细胞转录组学模拟胶质母细胞瘤的侵袭。bioRxiv630202(2019)。
人脑类器官可作为研究胶质母细胞瘤细胞浸润的支架。在这项研究中,研究人员对患者来源的多形性胶质母细胞瘤(GBM)细胞在与人类大脑类器官细胞共培养前后进行了scRNA-seqICELL8单细胞系统.这使得他们能够识别出在侵袭过程中所有四种患者来源细胞系中上调的45个基因,包括与生长调节、神经元迁移、细胞外分泌和刺激反应有关的基因。
单核和多核心室心肌细胞构成转录同源的细胞群。基本的心功能杂志》。114年,36(2019)。
在这项研究中,来自马克斯·普朗克心肺研究所的科学家使用了ICELL8单细胞系统在基线条件下和压力诱导的肥大中对单核和多核成年心肌细胞进行scRNA-seq。ICELL8系统为研究人员提供了两种液滴系统所没有的独特功能。首先,分配器的大口径喷嘴允许分离完整的单个成人心肌细胞,这通常太大,不适合其他方法。其次,对每口井进行成像并将测序数据与处理过的细胞联系起来的独特能力,使研究人员能够识别损伤细胞,这些细胞的分析引入了非生物伪影。scRNA-seq显示,尽管单核和多核杆状成年心肌细胞在基线条件下有相似的转录组,但在压力诱导的肥大后,这种同质性就消失了。
张,H。et al。MLL1抑制和维生素D信号协同促进多能性状态的扩大。细胞的代表。29,2659 - 2671。e6 (2019)。
为了研究MLL1(一种H3K4甲基转移酶)的抑制如何影响胚胎干细胞(ESCs)的细胞命运,密歇根大学的科学家们通过单细胞分辨检测ESCs的基因表达变化来研究ESCs的异质性。的ICELL8单细胞系统此外,使用ICELL8系统的CellSelect软件,cDNA合成中只包含高质量的单细胞候选细胞(4610个单细胞中有4413个单细胞符合进一步分析的条件)。检测到的基因表达变化的分辨率足够显著,科学家可以根据I或II状态ESCs的代表基因的差异表达来定义MLL1抑制的异质性。
2018
Bergiers,我。等.单细胞转录组学揭示了胚胎造血过程中转录因子的一种新的动态功能。Elife7,e29312(2018)。
欧洲分子生物学实验室的研究人员在本研究中描述了单细胞转录组学在小鼠内皮细胞胚胎造血过程中描述复杂转录因子动态的应用。的ICELL8单细胞系统分离和加工i8TF胚胎干细胞,进行单细胞RNA测序,了解基因调控网络。总的来说,研究人员确定了7个转录因子,它们的共同表达是特异性的前造血干细胞和祖细胞。此外,在这个七肽组中,Erg和Fli1促进内皮细胞命运,而Runx1和Gata2促进造血命运。
金,C。等.用单细胞测序描述三阴性乳腺癌的化疗耐药进化。细胞173年,879 - 893。e13(2018)。
本研究描述了三阴性乳腺癌(TNBC)对新辅助化疗(NAC)的化疗耐受演化模型。整个研究使用了单细胞DNA和RNA测序的组合。的ICELL8单细胞系统用于从接受NAC治疗的TNBC患者的冷冻纵向样本中提取细胞核。采用RNA-seq分析来自克隆灭绝患者的3370个单核的转录组。ICELL8系统允许从克隆灭绝的患者中平均检查500个细胞核,结果是每个细胞检测到120万个reads和4107个基因。此外,对克隆持久性患者的平均约400个细胞核进行了分析,每孔检测到120万个reads和5166个基因。
梁,Q。等.人视网膜组织单核RNA-seq提供了改进的转录组分析。bioRxiv468207(2018)。
本文介绍了第一个单核、基于rna序列的人类视网膜神经组织转录组学研究。作为单细胞RNA-seq的替代方法,该方法更适用于人体组织研究,因为它可以应用于冷冻神经元组织。单核俘获是在ICELL8单细胞系统使用CellSelect软件进行自动选井。作者对6个样本中的6544个细胞核进行了测序,平均每个细胞核获得了31783个图谱reads。单核谱与同一样本的大体积RNA-seq具有良好的相关性,细胞类型谱也与已发表的人类视网膜细胞标记物具有一致性。
Massaia,等.单细胞基因表达理解心脏的动态结构。心血管医学前沿5,167(2018)。
在这篇综述文章中,来自英国心脏基金会中心和威康信托基金会桑格研究所的研究人员讨论了设计单细胞实验的指导方针。需要一个自动化系统,比如ICELL8单细胞系统它可以作用于心肌细胞和其他类似的大细胞。这些工具可以导致单细胞转录组学的重大进展,并有助于心脏发育和疾病模型的杰出探索性和功能性研究。
Mezger,。等.高通量染色质可及性分析在单细胞分辨率。Commun Nat。93647(2018)。
为了测量整个细胞中DNA的物理可及性,研究人员开发了一种基于单细胞的测序转座酶可及染色质分析(scATAC-seq)。该方法利用了ICELL8单细胞系统与微流体系统相比,开放式平台系统和基于纳米井的芯片提高了近20倍的吞吐量。这种高吞吐量工作流的另一个好处是每个单元的成本降低了(约0.98美元)。
Tirier, s M。等.Pheno-seq -链接克隆肿瘤球体的3D表型与基因表达。bioRxiv311472(2018)。
对于这项研究,德国癌症研究中心(DKFZ)的研究人员利用了ICELL8单细胞系统用于高通量pheno-seq工作流。该系统实现了条形码ICELL8纳米井芯片中回收球体的自动分配和共聚焦成像。定制开发的工作流说明了ICELL8工作流的开放性,为此开发了改进的图像分析和溶解程序,以适应pheno-seq分析。他们成功地证明了形态学特征与转录谱的相关性,注意到单球谱比单细胞分析肿瘤细胞(识别被scRNA-seq遗漏的关键转录本)的灵敏度更高。
杨,s . H。等.ZIC3控制着从naïve到已引物多能性的转变。bioRxiv435131(2018)。
作者研究了小鼠ESCs从naïve状态向外胚层样细胞(EpiLCs)早期过渡时染色质可及性的变化。单细胞rna测序ICELL8单细胞系统使用低温冷冻的细胞。一个自定义脚本用于执行ui的分配和错误修正、低质量读取的修剪以及对跨物种污染进行检查。通过表达分析发现ZIC3是建立和维持EpiLC状态的重要转录调控因子。
2017
亚特,M。等.将shRNA筛选与单细胞RNA-seq结合,确定了mTOR在重编程诱导衰老中的双重作用。Dev的基因。31日,2085 - 2098(2017)。
通过并行进行单细胞RNA-seq和shRNA筛选,可以显著提高从这种功能筛选中识别和验证候选基因的速度。本研究的作者调查了重编程诱导衰老的中介因子。经过最初的shRNA筛选,确定了4个候选基因(MTOR,CDKN1A,MYOT,UBE2E1),它的攻克绕过了由基因重组引起的衰老ICELL8单细胞系统用于在被shrna感染的细胞上制备针对这些候选基因的RNA-seq文库。进一步的研究发现mTOR抑制在细胞重编程过程中具有拮抗作用。ICELL8平台灵活的细胞大小分离和可用的敏感文库制备化学是加速筛选过程发现的关键,同时允许从处理过的单细胞的RNA-seq数据进行shRNA鉴定和转录组分析。
高,R。等.纳米网格单核RNA测序揭示了乳腺癌的表型多样性。Commun Nat。8,228(2017)。
研究人员利用了ICELL8单细胞系统为了证明从单个细胞生成的转录谱数据与从癌细胞系获得的细胞核之间的强一致性。通常用于转录组分析的单细胞RNA-seq协议与来自快速冷冻归档组织标本的癌细胞不相容,因为保存过程会破坏细胞膜。ICELL8平台的灵活性允许细胞核分离和固定冷冻细胞,使样品产生具有代表性的高质量RNA-seq数据。由于核膜通常不会被冻融循环破坏,这种方法为档案样本的处理提供了一种强有力的新解决方案。在这篇文章中,作者指出,“细胞核的转录组谱高度代表整个细胞,可以用来研究许多癌症基因和信号通路。”
戈尔茨坦,l D。等.大规模并行的基于纳米孔的单细胞基因表达谱分析。BMC基因组学18,519(2017)。
在这项研究中,采用RNA-seq分析来自培养细胞和复杂组织的单个细胞的转录组。使用ICELL8单细胞系统在美国,研究人员能够区分从在单个芯片上处理的人类和小鼠细胞混合物中获得的谱图,这是由低倍数率(<3%)证明的。此外,在本实验中观察到最小的交叉污染,即高单细胞纯度(94-97%)。其他发现显示了在小鼠胰岛样本中区分代表性细胞类型的能力。ICELL8平台的成像能力能够从空井和多细胞井中识别含单细胞井,这对于确保本研究中观察到的高单细胞纯度和低多重倍率至关重要。
Hochgerner, H。等.STRT-seq-2i:双索引5ʹ单细胞和细胞核RNA-seq在可寻址微孔阵列。科学。代表。7,16327(2017)。
研究人员开发了STRT-seq-2i方法,这是一种9600微孔阵列平台,与适应的STRT-seq化学兼容,允许双标度。首先,通过限制稀释或流式细胞仪对细胞进行分类。利用高通量点胶的优点ICELL8单细胞系统,这些细胞被分配到微孔板上。然后,ICELL8系统的成像能力可以验证真正的单细胞井。这种方法允许以具有竞争力的成本高度灵活地执行STRT-seq-2。
2015
吴,L。等.全长单细胞RNA-seq应用于病毒性人类癌症:在HeLa S3细胞中HPV表达和剪接分析的应用。Gigascience4,51(2015)。
本研究的作者对检测病毒诱导的癌细胞系的异质性感兴趣。的ICELL8单细胞系统建立了一种从单细胞中制备RNA的高通量方法。对HeLa S3细胞的测序显示,该细胞系在基因表达、选择性剪接和融合方面具有广泛的异质性。他们的工作不仅在单细胞水平上提供了HeLa S3细胞的转录组特征,而且证明了单细胞RNA-seq分析病毒感染细胞和癌症的能力。
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将表观基因组图谱引入到单细胞生物学阶段
了解研究人员如何利用ICELL8技术开发新的切割&标签方法来分析染色质成分。
单细胞ATAC-seq加速染色质定位
了解更多关于研究人员如何使用我们的ICELL8单细胞系统开发新的单细胞ATAC-seq工作流。
探索心肌细胞的转录变异
了解研究人员如何使用ICELL8单细胞系统对脆弱的成年心肌细胞进行scRNA-seq。
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