确定和克隆疫苗靶点
下一代基于测序的TCR和BCR序列分析允许全系统破译特定受体结构及其对感染适应性免疫的贡献。一旦获得病毒基因组序列和宿主BCR和TCR免疫谱数据,将使用生物信息学进行进一步分析,以揭示可用于有效选择候选疫苗的病毒抗原和疫苗靶点(病毒表面受体)。复杂的生物信息学管道降低了大型数据集的复杂性,这些数据集来自于发现TCR反应性簇和目标特异性BCR抗体序列的试验。病毒特异性TCR和BCR(或中和抗体序列)可通过比较患者与相应对照组(健康献血者)的免疫系统来推断(Schultheiß等人,2020年)。
Takara BioCogent NGS免疫分析器软件可以与智慧人BCR IgG IGM H / K / L分析套件一起使用,以解析关于Clonotype号码和V(D)J序列信息的信息。该软件旨在分析使用使用更智能人BCR IgG IgM H / K / L分析试剂盒或更智能人TCR A / B分析试剂盒V2,分析来自库制备的文库生成的FASTQ文件中的序列数据。
![images/400-NGS/CC-TechFigs/SMARTer-Human-BCR-IgG-IgM-HKL-Profiling-Kit-PBMC-RNA-clonotype-counts-8787-iT.gif 履行分析](http://www.yamajr.com/areas-of-interest/vaccine-development/images/400-NGS/CC-TechFigs/SMARTer-Human-BCR-IgG-IgM-HKL-Profiling-Kit-PBMC-RNA-clonotype-counts-8787-iT.gif)
利益
- 快速结果柱测序 -一个软件涵盖了V(D)J转录本和T细胞和B细胞的克隆型分析
- 对您的数据更有信心- 无需PCR重复和错误,致密且可靠的Clonotype调用和量化
- 灵活的排序选项-obtain全长V(d)j对所有Illumina平台的MISEQ®或CDR3分析分析
图1. Clonotypes数量的生物变异提供了可以检测到健康或患病样品之间微妙差异的信心。从不同供体获得的PBMC RNA克隆型计数。使用更智能的人BCR-IgG-IgM H/K/L分析试剂盒测定来自8个供体的PBMC RNA各10 ng的IgG、IgM、IgK和IgL克隆型(以不同颜色表示)。库被标准化为100000次读取以进行分析。使用Cogent NGS免疫轮廓仪对数据进行分析,然后使用R。
利用基因组学生物信息学分析和免疫分析数据确定的疫苗靶点被克隆到适当的载体中以供进一步研究。使用传统的基于连接的克隆方法来生成目标疫苗结构可能耗时、费力且昂贵。我们的融合克隆这项技术可以帮助研究人员通过加快目标疫苗结构的生成来加速疫苗开发工作流程。融合克隆具有快速、高度准确(>95%)、序列无关(任何PCR或合成插入都可以克隆到任何位点的任何载体中)、无缝、定向和高通量的特点。融合酶利用PCR生成的插入序列和线性化载体末端15 bp的重叠,高效、精确地融合它们。使用15 bp重叠消除了对限制位点可用性的依赖,这是传统基于连接的克隆的一个显著缺点。一个简单的15分钟的融合反应产生无缝和精确的工程结构,其中不添加额外的载体或限制性位点衍生的DNA碱基。融合克隆的速度和准确性是生成目标疫苗表达结构的关键优势,因为它使研究人员能够避免向目标疫苗中添加额外的碱基/氨基酸,从而导致功能改变。
观看融合克隆技术的视频概述应用。
利益
- 子克隆是不必要的-克隆任何插入,到任何位点,在任何载体,只需一个反应
- 高效-在0.5 kb到15 kb的片段大小范围内,超过95%的效率得到了证明
- 无缝结构-最终的构造没有剩余额外的碱基对(由于限制摘要或Ta克隆的情况通常是案例)
- 克隆单个或多个片段的灵活性-在一次反应中同时克隆单个或多个DNA片段
- 可用于执行定点突变-点击这里学习如何操作
有许多已发表的研究和开发针对各种病原体(包括冠状病毒)的疫苗的工作实例,它们在其工作流程中使用了融合克隆技术。
标题 | 链接 | 产品 |
---|---|---|
克隆 | ||
SARS冠状病毒2型 | ||
SARS-COV-2和其他谱系B Betacoronaviruses的细胞进入和受体用法的功能评估 | ![]() |
内熔合卡扣组件 |
SARS-CoV-2与SARS-CoV感染的交叉反应抗体应答 | ![]() |
|
冠状病毒基因组RNA序列在人类细胞中的稳定性 | ![]() |
|
CRISPR作为对抗SARS-CoV-2和流感的抗病毒策略的发展 | ![]() |
内熔合卡扣组件和恒星化学活性细胞 |
其他病毒 | ||
基于复制缺陷型狂犬病病毒的MERS-CoV和狂犬病病毒双价重组疫苗的研制及其在小鼠体内的体液免疫原性 | ![]() |
内熔合卡扣组件 |
Mers Coronavirus NSP1通过与病毒RNA的特异性相互作用参与有效的传播 | ![]() |
|
猪deltacoronavirus基因操作揭示NS6和NS7功能:疫苗设计的新策略 | ![]() |
|
用非致病性H5N1病毒制备的灭活流感疫苗对抗鸡体内抗原漂移的高致病性禽流感病毒的效力 | ![]() |
|
一种快速构建高病毒滴度并表达高抗原蛋白的新型猴腺病毒载体的策略,适用于疫苗开发 | ![]() |
|
ACE2亚型的克隆 | ||
冠状病毒受体血管紧张素转换酶2(ACE2)在气道上皮分化中的异质性 | ![]() |
In-Fusion SMARTer定向cDNA文库构建试剂盒 |
参考文献
舒尔泰,C。,等新一代对新冠病毒-19患者的T细胞和B细胞受体序列进行测序,结果显示其与疾病的严重程度相关。免疫53,442–455 (2020).
主打产品
万博体育投注manbetx登录
美国/加拿大:+1.800.662.2566•亚太地区:+1.650.919.7300•欧洲:+33。(0)1.3904.6880•日本:+81。(0)77.565.6999
仅供研究使用。不用于诊断程序。©2021 Takara Bio Inc.保留所有权利。所有商标均为Takara Bio Inc.或其在美国和/或其他国家的附属公司或其各自所有者的财产。某些商标可能不会在所有司法管辖区注册。更多产品、知识产权和限制使用信息可从takarabio.com获得。