病毒基因组和宿主反应的特征
呼吸道感染在世界各地普遍存在,给健康和经济带来巨大负担。必须了解病原体的性质,并尽快作出相应诊断,以防止其迅速传播,并尽量降低死亡率。随着基因组学等分子生物学技术的出现,可以通过全基因组测序大规模获取这些病原体的身份信息。这种方法包括从受感染患者的样本(如支气管肺泡液、鼻腔或咽喉拭子或唾液)中净化病原体,并对病原体基因组进行测序。然而,这种方法带来了技术上的挑战,因为病原体基因组内容可能稀少和/或降解。在RNA病毒的情况下,研究人员需要RNA-seq方法是敏感的,可以处理可能降解的病毒基因组材料。
自COVID-19疫情爆发以来,世界各地的研究人员生成了基因组数据,以定义病毒基因组并精确跟踪突变。随着SARS-CoV-2的流行扩大到大流行,对其基因组的广泛分析使研究人员能够描述该病毒的进化特征。这些信息被用来加深我们对感染途径和病毒序列变异性的理解,这些可能有助于疾病的临床过程。SARS-CoV-2全基因组测序对疫苗设计至关重要,因为它提供了关于可能触发或削弱免疫反应的潜在抗原表位或新病毒变异的宝贵信息。这种方法被用于反向疫苗学,其目的是通过对病毒基因组的生物信息学分析来确定有希望的疫苗候选(Bidmos et al. 2018)。我们RNA-seq工具包SMARTer绞合总RNA序列试剂盒v2(Pico v2;图1)用于SARS-CoV-2疫情早期的测序,以提供病毒的全长序列(Wu等人,2019年)。表中总结了在研究和开发针对各种病原体(包括冠状病毒)的疫苗的工作流程中,利用智能链RNA-seq技术的已发表工作的示例在这一页的末尾。我们最近推出了微微v3,是Pico v2工具包的改进版。
图1所示。输入量为10-ng时的转录本表达水平显示在Pico v2试剂盒中。面板。Pico v2试剂盒产生的数据在1-ng和10-ng输入之间观察到较高的重复性。FPKM值显示在日志上10规模。沿着散点图的X轴和y轴,只能看到一个库中的转录本。B小组。Pico v2工具包的特性和优点的总结。
除了关注病毒基因组本身,研究人员还研究了感染患者T细胞和B细胞受体的可变区域,为识别新的保护性抗原和评估候选疫苗的效力提供了有用的信息。研究受感染患者的免疫系统面临着与病毒基因组分析类似的挑战,因为感染性疾病常常导致病毒感染患者的淋巴细胞减少。
许多研究小组使用我们的智能免疫分析工具来评估各种疾病条件下的TCR和BCR基因库多样性(见下面的引文)。更智能的TCR和BCR免疫分析试剂盒的功能和优点总结如下。
图2。使用更智能的人类BCR试剂盒的基于UMI的错误更正来确定测序饱和点,可以让您对克隆类型调用更有信心,并降低测序成本。A小组。使用更智能的人BCR IgG IgM H/K/L试剂盒,从10 ng单供者PBMC RNA中制备BCR谱文库,用于本实验。图中显示了在不同测序深度下,使用(蓝线)和不使用(紫线)基于UMI的错误校正的更智能的人类BCR库和IgG克隆型计数的测序饱和度。使用UMIs,您可以确定排序饱和点,这样您就不必进行超出需要的排序。所有不同测序深度的分析均由我们的Takara生物免疫分析软件生成。B小组。我们的免疫分析工具包的功能和优点摘要。
用于病毒和宿主基因组测序和免疫分析的产品引用
标题 | 链接 | 产品 |
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智能链总RNA-seq试剂盒(Pico v2) |
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SARS冠状病毒2型 | ||
SARS-CoV-2感染人iPSC源性心肌细胞预测新的COVI-19患者心脏细胞病变特征 | ![]() |
SMARTer绞合总RNA序列试剂盒v2 |
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更智能的人类TCRa/b分析套件 |
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