为您的样本选择正确的检测方法
快,利用实时定量PCR(RT-qPCR的)和PCR基因分型,以检测病毒和微生物病原体准确和可扩展的方法可用于预防和控制传染病爆发是必不可少的。这些PCR技术的多功能性使的那些针对特定类型的生物体和样品处理要求的新方法的发展。
已经为各种病原体开发了专门的RT-QPCR和基于PCR的检测方法,包括SARS-COV-2等呼吸道病毒,以及存在于水和土壤样品中存在的抗生素和导致的细菌,以及植物病原体这可以减少作物。优化的协议可用于处理特定的样品类型,包括临床研究样品(如唾液,拭子洗涤和粪便悬浮液)以及环境和农业样品,以及从各种原油样品中直接检测。小规模检测方法适用于许多目的,而自动化的高通量检测方法是大规模研究的理想选择,并且通过增加快速准确筛选的可用性来控制疾病爆发中的重要作用。
利用基于RT-qPCR检测的功能和通用性
基于RT-qPCR的方法为高效、特异和灵敏地检测多种病毒和细菌病原体(包括SARS-CoV-2)提供了基础。一步RT-qPCR利用快速简单的方案,允许在同一试管中进行逆转录和qPCR反应,降低污染风险,并提供敏感、可靠的结果。我们的一步PrimeScript RT-qPCR技术用于开发SARS-CoV-2的首次筛查试验(Zhu等人,2020年),我们的RT-qPCR试剂盒包括一步PrimeScript III RT-qPCR混合物,这是目前可用的最灵敏的一步RT-qPCR主混合物,在全球范围内用于SARS-CoV-2的检测SARS-CoV-2检测只有五份病毒拷贝
基于RT-qPCR的检测的易用性和效率可能受到在进行检测分析之前纯化病毒和细菌RNA和DNA的需要的限制。然而,这种耗时的核酸纯化步骤可以通过使用对PCR抑制剂如肝素(血液)和腐殖酸(土壤)具有抗性的特殊反应混合物直接对粗样品进行RT-qPCR来消除。我们的PrimeDirect探针RT-qPCR混合,可用于对病毒、细菌和其他原始生物样本进行直接RT-qPCR(图1),可在鼻腔拭子样本和唾液样本中检测到20份H1N1病毒,从口腔拭子样本中检测到2份H1N1病毒。我们的用于SARS-COV-2的直接单步RT-QPCR混合已经显示从粗唾液样品提供的可靠的检测SARS-CoV的-2直接。
用粗的生物样品中的图1.直接RT-qPCR的PrimeDirect探针RT-qPCR混合。
病原体检测使用自动高通量RT-qPCR的
控制疾病暴发取决于从大量样本中精确、可重复性和速度检测病毒和微生物病原体的能力。我们的SmartChip实时PCR系统(图2)是一个自动化的,高通量的qPCR系统最小化假阳性和阴性,准确地捕捉转录降至个位数的拷贝数,减少了手工操作时间,并最大限度地提高每天处理的样本的数目。它已被用于自动化SARS-CoV-2检测,以及抗生素抗菌细菌来自粪肥、污水、土壤、沉积物、污泥、水和医院空调过滤器等来源。
有关详细信息,请观看我们关于使用SmartChip系统检测SARS-CoV-2和检测和定量的废水中的抗生素抗性基因和SARS-CoV的-2。
![](http://www.yamajr.com/areas-of-interest/pathogen-detection/images/900-Special_Topics/908-Areas-of-Interest/CC-TechFigs/SmartChip-system.jpg)
图2。SmartChip实时PCR系统工作流。将样本和分析添加到SmartChip MyDesign工具包,然后使用SmartChip实时PCR系统进行分析。
基于pcr的基因分型筛选细菌病原体
区分致病菌株与其他相关亚种的能力对于开发一种有效的筛选方法至关重要,该方法可用于确定细菌如何传播,以预防或控制传染病暴发。基于PCR的基因分型可放大和检测密切相关的细菌之间的基因变异分离菌株可用于准确鉴定细菌病原体。
Xu等人利用基于PCR的基因分型技术开发了一种快速、准确的检测方法,以鉴定引起Stewart’s Wilt的细菌,Stewart’s Wilt是一种感染玉米作物的严重细菌性疾病。观看视频学习如何钛TaqDNA聚合酶用于将该病原体与几种相关菌株区分。
采用PCR基因分型方法对水媒钩端螺旋体病的环境样本进行多重PCR分析塔卡拉特级塔克酒店HS DNA聚合酶他们使用RRO等检测细菌。使用以下方法执行了类似的程序:PrimeSTAR HS DNA聚合酶从相同的环境样品中检测来自脊椎动物的12S rRNA,以了解哪种脊椎动物更容易港口钩端螺旋体细菌。本研究采用的多重PCR方法帮助确定如何钩端螺旋体通过展示环境如何影响这种病原体的发展,以及它如何与宿主/携带者相互作用,就可以发生疫情。
参考文献
- 佐藤,Y.等等。环境DNA metabarcoding检测致病钩端螺旋体以及日本钩端螺旋体病流行地区的相关生物。SCI。代表。9,1 - 11(2019)。可以在:https://www.nature.com/articles/s41598-019-42978-1
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