癌症生物标志物的基因表达量化
诊断癌症和疾病的主要方法依赖于冗长、昂贵和复杂的组织学技术,这些技术通常用于已经有症状的患者,因此病情还在进一步发展。理想情况下,诊断方法应该是快速和有效的,能够负担得起的,在症状前和症状人群中进行精确的筛查。无论是来自循环液还是FFPE组织的核酸,都已成为研究癌症和疾病的潜在生物标志物。在临床上,核酸已经被用于产前诊断测试,许多候选测试正在出现,用于各种疾病状态。这些生物标志物通常分为四大类:DNA、mRNA、microRNA (miRNA)和长链非编码RNA (lncRNA)。
已经报道了许多类型癌症的mRNA标记,包括肝脏,乳房和前列腺。然而,mRNA的高度变异性和周转变化使其成为精确诊断的具有挑战性的候选者。miRNA是一种小(典型约为20nt)的非编码RNA,通常认为调节基因表达。与编码MRNA不同,MIRNA往往是相对稳定和抗碎裂的。目前,已经确定了数千种独特的MIRNA,具有数百种疾病的影响,包括许多类型的癌症。LNCRNA较长(通常> 200nt)转录物,其不用于特定蛋白质。类似于miRNA,通常认为LNCRNA参与基因调节。已经以多种形式的癌症鉴定了数十万的LNCRNA。
PCR、qPCR和RT-qPCR是一种分子技术,用于检测和定量多种样本来源中的基因和基因表达。这些技术允许快速、灵敏和准确地检测潜在的癌症生物标志物。
突出产品
具有钛DNA扩增套件的全基因组SNP阵列
细胞遗传学微阵列为检测特定基因突变提供了一种快速且经济有效的方法,包括低水平镶嵌、杂合性丢失和拷贝数变化(Eldai等人,2013年)这些突变已知会影响各种癌症的预后和治疗,如黑色素瘤、结直肠癌和急性淋巴细胞白血病钛DNA扩增试剂盒已经被用于微阵列分析来筛查和发现各种癌症的突变,如筛查BRAF使用INFINITI BRAF Assay (Weyant et al. 2014)发现实体肿瘤的突变IKFZ1.儿童急性淋巴细胞白血病的缺失(Lopes et al. 2016)。最后,Titanium酶提供的高产量和稳定的质量使Affymetrix基因芯片Mapping 500K Assay的用户能够实现SNP基因分型的最高标准(图1)。
图1. GeneChip映射500K测定的概述。
使用RT-QPCR和QPCR试剂盒进行定量检测基因表达
RT-qPCR和qPCR可以对来自各种来源的RNA和gDNA样本的基因进行敏感的定量,包括循环肿瘤细胞(Lianidou 2016)。我们已经开发了一步RT-QPCR套件,两步RT-QPCR套件,probe-based qPCR混合, 和TB绿色qPCR混合在各种用户友好的格式,快速,准确,和敏感的基因检测感兴趣的癌症研究。此外,由于癌症研究的起始材料可能是宝贵的(如FFPE组织),我们开发了我们的Takara PreAmp Master Mix为了获得最佳,不偏见的前置放大器只为12.5 pg DNA。
已经利用这些工具来检测冷冻和FFPE子宫平滑肌肉瘤样品中TRKB信号传导的变化(Makino等,2012),鉴定55种不同的乳腺癌FFPE组织中的关键miRNA(Chen等,2016),牵引MAF1在原发性人肝癌肿瘤中(Li et al. 2016),量化的下调莎丽抑癌基因在前列腺癌组织和细胞中的表达,能准确、特异地检测到表达的改变RSK4在多个细胞和组织样本中(Jiang等,2017),并确保在FFPE组织样本中的162个乳腺癌相关基因的可重复性表达(视图技术报告).
我们也开发了冻干,预验证引物集用于结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、黑色素瘤、小细胞肺癌和非小细胞肺癌。
敏感的miRNA量化w它H miR-X miRNA QRT-PCR TB Green Kits
能够准确和敏感地量化罕见miRNA对于理解和跟踪各种类型癌症的信号网络至关重要(Hayes等,2014)。我们的Mir-X miRNA qRT-PCR TB Green试剂盒使用一个单步、单管反应产生第一链cDNA,然后专门和定量放大使用miRNA-specific底漆和结核病绿色优势qPCR化学(图2)。这使得简单和准确的microrna的大量样本中检测到50份类型包括等离子体(Kanemaru et al . 2011年),外泌体(Lee et al. 2013)和FFPE组织(Lee et al. 2013)。
图2. miR-x miRNA QRT-PCR TB绿色套件工作流程。
利用SmartChip Real-Time PCR系统进行高通量基因表达分析
筛选这些生物标志物的挑战之一是需要在各种样品类型中筛选数百种潜在的目标。高吞吐量QPCR已成为一种潜在的解决方案,可以快速敏感地检测许多目标。这SmartChip Real-Time PCR系统已在概况miRNA(Choo等人2014),Lncrna(Leucci等,2016)的许多出版物中使用,以及来自包括血液的多种样品类型的不同形式的癌症和疾病的mRNA(Chen等,2016),细胞系,T细胞,血浆和各种类型的患者活组织检查。对于所有这些研究至关重要是Smartchip系统支持许多测定和样品配置的能力,因为每种疾病都有独特而变化的生物标志物。通过协作,我们帮助研究人员设计并利用多面板用于mRNA,miRNA和LNCRNA,其能够为其在Smartchip系统中疾病的疾病模型中对关键生物标志物进行高通量筛选。要了解有关这些面板和研究的更多信息,请访问SmartChip系统应用页面.
参考文献和产品引用
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