确定和克隆疫苗靶点
基于TCR和BCR序列的下一代测序分析,可以在全系统范围内破译特异性受体配置及其对感染中的适应性免疫的贡献。一旦获得了病毒基因组序列和宿主BCR、TCR免疫谱数据,就可以利用生物信息学进行进一步分析,揭示病毒抗原和疫苗靶点(病毒表面受体),从而有效地选择候选疫苗。复杂的生物信息学管线降低了从此类试验中发现TCR反应簇和靶特异性bcr抗体序列的大型数据集的复杂性。病毒特异性TCR和BCR(或中和抗体序列)可以通过比较患病患者和相应对照组(健康供体)的免疫库来推断(Schultheiß et al. 2020)。
豆类生物的Cogent NGS免疫分析器软件可与SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit一起使用,分析克隆型数和V(D)J序列信息。该软件用于分析由Illumina测序仪生成的FASTQ文件中存储的序列数据,这些文件来自使用SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit或SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2准备的库。
![images/400-NGS/CC-TechFigs/SMARTer-Human-BCR-IgG-IgM-HKL-Profiling-Kit-PBMC-RNA-clonotype-counts-8787-iT.gif 有说服力的分析](http://www.yamajr.com/applications/vaccine-development/images/400-NGS/CC-TechFigs/SMARTer-Human-BCR-IgG-IgM-HKL-Profiling-Kit-PBMC-RNA-clonotype-counts-8787-iT.gif)
好处
- 快速结果后测序-一个软件涵盖了V(D)J转录本和T细胞和B细胞的克隆型分析
- 对你的数据更有信心-准确可靠的克隆型调用和定量,无PCR重复和错误
- 灵活的排序选项-在所有Illumina平台的MiSeq®或CDR3分析上获得完整的V(D)J分析
图1所示。克隆型数量上的生物变异为检测健康或患病样本之间的细微差异提供了信心。不同供体的PBMC RNA的克隆型计数。使用SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit检测来自8名供体(以不同颜色表示)的PBMC RNA的IgG、IgM、IgK和IgL克隆型。图书馆被标准化为10万次读取用于分析。用Cogent NGS免疫谱仪对数据进行分析,然后用R。
利用基因组学和免疫分析数据的生物信息学分析确定的疫苗靶点被克隆到适当的载体中以供进一步研究。使用传统的基于连接的克隆方法来生成目标疫苗结构可能是耗时、费力和昂贵的。我们的在融合克隆技术可以通过加快目标疫苗结构的生成,帮助研究人员加快疫苗开发工作流程。In-Fusion克隆是快速,高度精确(>95%),序列独立(任何PCR或合成插入可以克隆到任何载体在任何位点),无缝,定向,高通量准备。In-Fusion酶利用pcr生成的插入序列和线性化的载体的末端15 bp重叠,高效而精确地融合它们。15 bp重叠的使用消除了对限制位点可用性的依赖,这是传统的基于连接的克隆的一个重大缺点。一个简单的15分钟的in - fusion反应结果是无缝的和精确的工程结构,其中不添加额外的载体或限制位点衍生的DNA的碱基。在生成目标疫苗表达结构时,融合克隆的速度和准确性是至关重要的优势,因为它允许研究人员避免向目标疫苗添加额外的碱基/氨基酸,这可能导致功能改变。
观看概述融合克隆技术应用的视频。
好处
- Subcloning是不必要的,克隆任何插入,到任何位点,在任何载体,只需一个反应
- 高效,超过95%的效率演示了范围广泛的片段大小,从0.5 KB到15 KB
- 无缝施工,最终结构没有剩余的碱基对(通常是限制摘要或TA克隆的情况)
- 灵活的克隆单个或多个片段在一次反应中同时克隆一个或多个DNA片段
- 可以用来执行定点突变-点击这里学习如何操作
有许多已发表的研究和开发针对各种病原体(包括冠状病毒)的疫苗的工作实例,它们在其工作流程中使用了融合克隆技术。
标题 | 链接 | 产品 |
---|---|---|
克隆 | ||
SARS-CoV-2 | ||
SARS-CoV-2和其他B -冠状病毒细胞进入和受体使用的功能评估 | ![]() |
在融合快速组装 |
SARS-CoV-2与SARS-CoV感染的交叉反应抗体反应 | ![]() |
|
人类细胞中冠状病毒基因组RNA序列的稳定性 | ![]() |
|
CRISPR作为对抗SARS-CoV-2和流感的抗病毒策略的发展 | ![]() |
在融合快速组装和恒星化学活性细胞 |
其他病毒 | ||
基于重组复制缺陷狂犬病毒的抗中东呼吸综合征冠状病毒和狂犬病毒双价疫苗的研制及其小鼠体液免疫原性 | ![]() |
在融合快速组装 |
中东呼吸综合征冠状病毒nsp1通过与病毒RNA的特定相互作用参与有效的传播 | ![]() |
|
猪三角冠状病毒的基因操作揭示了对NS6和NS7功能的深入了解:一种新的疫苗设计策略 | ![]() |
|
由非致病性H5N1病毒制备的灭活流感疫苗对抗鸡体内抗原漂移的高致病性禽流感病毒的效力 | ![]() |
|
一种快速构建新型猴腺病毒载体的策略,具有高病毒效价和表达高抗原蛋白,适用于疫苗开发 | ![]() |
|
ACE2亚型的克隆 | ||
冠状病毒受体血管紧张素转换酶2 (ACE2)在鉴别气道上皮中的异质性 | ![]() |
In-Fusion SMARTer定向cDNA文库构建试剂盒 |
参考文献
Schultheiß,C。等.新冠肺炎患者T和B细胞受体库的下一代测序显示出与疾病严重程度相关的特征。免疫力53岁,442 - 455(2020)。
主打产品
万博体育投注manbetx登录
•美国/加拿大:+1.800.662.2566•亚太地区:+1.650.919.7300•欧洲:+33.(0)1.3904.6880•日本:+81.(0)77.565.6999
仅供研究使用。不用于诊断程序。©2021 Takara Bio Inc.保留所有权利。所有商标均为Takara Bio Inc.或其在美国和/或其他国家的关联公司或其各自所有者的财产。某些商标可能不会在所有司法管辖区注册。其他产品、知识产权和限制使用信息可在takarabio.com上获得。