描述病毒基因组和宿主反应
呼吸道感染在世界各地普遍存在,给健康和经济带来巨大负担。必须了解病原体的性质,并尽快作出相应诊断,以防止其迅速传播,并尽量降低死亡率。随着基因组学等分子生物学技术的出现,可以通过全基因组测序大规模获取这些病原体的身份信息。这种方法包括从受感染患者的样本(如支气管肺泡液、鼻腔或咽喉拭子或唾液)中净化病原体,并对病原体基因组进行测序。然而,这种方法带来了技术上的挑战,因为病原体基因组内容可能稀少和/或降解。在RNA病毒的情况下,研究人员需要RNA-seq方法是敏感的,可以处理可能降解的病毒基因组材料。
自COVID-19疫情爆发以来,世界各地的研究人员生成了基因组数据,以定义病毒基因组并精确跟踪突变。随着SARS-CoV-2的流行扩大到大流行,对其基因组的广泛分析使研究人员能够描述该病毒的进化特征。这些信息被用来加深我们对感染途径和病毒序列变异性的理解,这些可能有助于疾病的临床过程。SARS-CoV-2全基因组测序对疫苗设计至关重要,因为它提供了关于可能触发或削弱免疫反应的潜在抗原表位或新病毒变异的宝贵信息。这种方法被用于反向疫苗学,其目的是通过对病毒基因组的生物信息学分析来确定有希望的疫苗候选(Bidmos et al. 2018)。我们RNA-seq工具包智能链总RNA-seq试剂盒v2(Pico v2;图1)用于暴发早期SARS-CoV-2的测序,以提供病毒的全长序列(Wu et al. 2019)。表中总结了已发表的在工作流程中利用SMARTer strand RNA-seq技术研究和开发针对各种病原体(包括冠状病毒)的疫苗的工作实例在这一页的末尾。我们最近推出了Pico v3.是Pico v2工具包的改进版本。
图1所示。输入量为10-ng时的转录本表达水平显示在Pico v2试剂盒中。面板。Pico v2试剂盒产生的数据在1-ng和10-ng输入之间观察到较高的重复性。FPKM值显示在日志上10规模。沿着散点图的X轴和y轴,只能看到一个库中的转录本。小组B.Pico v2工具包的特性和优点的总结。
除了关注病毒基因组本身,研究人员还研究了感染患者的t细胞和b细胞受体的可变区,为识别新的保护性抗原和评估候选疫苗的有效性提供了有用的信息。研究感染患者的免疫系统面临着类似于病毒基因组分析的挑战,因为感染条件经常导致病毒感染患者的淋巴细胞减少。
我们的智慧免疫分析试剂盒用于评估各种疾病条件下的TCR和BCR曲目分集(参见下面的引文)。智慧TCR和BCR免疫分析试剂盒的特征和益处总结如下。
图2。使用SMARTer human BCR试剂盒的基于ui的错误修正来确定测序饱和点,使您对克隆型调用更有信心,并降低测序成本。面板。使用更柔滑的人BCR IgG IgM H / K / L试剂盒为该实验制备来自10 ng单举者PBMC RNA的BCR谱分析文库。智能人体BCR库和IgG Clonotype的测序饱和在不同测序深度与(蓝线)和没有(紫色线)的误差校正的误差校正。使用UMIS,您可以确定排序饱和点,以便不必序列超过所需。通过我们的Takara Bio免疫分析器软件产生不同测序深度的所有分析。小组B.概述了我们的免疫分析试剂盒的特点和好处。
用于病毒和宿主基因组测序和免疫分析的产品的引用
标题 | 关联 | 产品 |
---|---|---|
智能链总RNA-seq试剂盒(Pico v2) |
||
SARS-CoV-2 | ||
人ipsc来源的心肌细胞感染SARS-CoV-2预测COVID-19患者心脏的新细胞病理特征 | ![]() |
智能链总RNA-seq试剂盒v2 |
中国广东省SARS-COV-2基因组流行病学 | ![]() |
|
中国武汉一种与严重呼吸道疾病相关的新型冠状病毒的全基因组特征 | ![]() |
|
德国北部孤立的SARS-COV-2菌株的完整基因组序列 | ![]() |
|
基因组学功能分析和SARS-COV-2的药物筛选 | ![]() |
|
两种SARS-COV-2分离株的编码完全基因组序列来自以色列的Covid-19早期表现形式 | ![]() |
|
共享的SARS-CoV-2多样性表明少数变异的局部传播 | ![]() |
|
其他病毒 | ||
在Pteropus lylei粪便中发现一种新的多cipiviridae病毒 | ![]() |
智能链总RNA-seq试剂盒v2 |
儿科急性呼吸道感染复杂感染的高分辨率宏基因组学特征 | ![]() |
|
新型儿童呼肠孤病毒分离及其长期循环重组 | ![]() |
|
呼吸道合胞病毒中同时病毒全基因组测序和差异表达分析 | ![]() |
|
智慧人类TCR / BCR分析试剂盒 | ||
巨噬细胞和T细胞的共激活有助于IL-6转基因人源化小鼠模型的慢性移植物抗宿主病 | ![]() |
更聪明的人类TCRa / b分析工具 |
对黑色素瘤患者的鉴定对黑色素瘤患者的抗PD-1抗体治疗良好 | ![]() |
|
高风险中T细胞受体的临床相关的细胞毒性免疫细胞签名和克隆膨胀MYCN- 扩增的人类神经母细胞瘤 | ![]() |
|
猪γδ T细胞T细胞受体库的RACE-based RNA-Seq方法的发展 | ![]() |
|
从LR Express滤过器中回收和评估白细胞 | ![]() |
|
免疫无知是对黑色素瘤Neoantigens的寡克隆T细胞应答的能力特征 | ![]() |
|
肠道T细胞受体在炎症性肠病中的基因组分析 | ![]() |
特色产品
万博体育投注manbetx登录
美国/加拿大:+1.800.662.2566•亚太地区:+1.650.919.7300•欧洲:+33。(0)1.3904.6880•日本:+81。(0)77.565.6999
仅供研究使用。不用于诊断程序。©2021 Takara Bio Inc.保留所有权利。所有商标均为Takara Bio Inc.或其在美国和/或其他国家的关联公司或其各自所有者的财产。某些商标可能不会在所有司法管辖区注册。其他产品、知识产权和限制使用信息可在takarabio.com上获得。