以下出版物展示了基于ngs的ptt - a技术,利用PicoPLEX技术提高胚胎筛选结果,理解镶嵌(这可以显著地使诊断复杂化),并发现胚胎发育过程中基因表达的变化。
Vendrell,X.et al。基于巨大平行测序的新型平行筛选筛选人胚胎的一种巨大平行测序。系统。医学杂志。天线转换开关。地中海。63,162 - 178(2017)。
作者开发了一种高度可靠的测定,用于检测单层卵囊和5-10次肾病细胞的样品中的非整倍性。它们的方法 - 来自WGA库的低覆盖全基因组测序方法加上原始算法和拷贝数观看者 - 依赖于PIPoplex技术,以扩增来自其NGS协议的皮科级输入的纳克网格量。它们将Picoplex的有限排量与条形码相结合,其次是PCR扩增,并实现了使用CGH-BAC微阵列方法处理的样品的高水平有用读数以及染色体剂量的完全相关性。它们发现从单一卵囊的未加入控制DNA样本和WGA产品之间的测序和映射参数的测序和映射参数没有差异,表明使用皮片技术的无偏覆盖。它们的测定使得能够精确地检测分段交氮管,其长度下降至1 MB的分段。
Vera-Rodriguez, M。et al。下一代测序确定的人囊胚中节段非整倍体的分布模式。肥育。锡兰。105,1047 - 1055。e2(2016)。
作者评估了一种常用的基于NGS的PGT-A技术,用于检测来自促肾小管病毒活组织检查的节段和全染色体非流量倍增剂,并将这些结果与典型的ACGH方法进行比较。NGS和ACGH之间的整体一致性率为99.8%,NGS和ACGH检测到的92.9%的段被鱼确认。Picoplex技术用于全基因组扩增,其次是图书馆制剂。NGS接近将分段空转面检测到10 MB,效率与ACGH相同;此外,NGS检测到几种未被ACGH检测到的马赛克节条件非百倍倍倍细倍换剂。此外,作者确定,大多数节段性非百倍倍增剂导致导致马赛克的有丝分裂性误差,并且通过NGS可靠地检测到这种镶嵌图案。
麦考利,即C。et al。G&T-seq:单细胞基因组和转录组的平行测序。NAT。方法12,519 - 522(2015)。
作者介绍了一种新的技术,基因组和转录组测序(G&T-seq),通过同时进行全长RNA测序、全基因组或靶向测序以及全基因组拷贝数变异(CNV)检测,可以更深入地描述单个细胞。他们的方法包括以珠子为基础从gDNA中分离polyA+ mRNA,然后分离扩增、文库制备和测序。选用PicoPLEX技术扩增DNA用于下游CNV分析。作者使用G&T-seq方法获得了一些有趣和新颖的发现:1)单个细胞的染色体拷贝数由该细胞中基因表达的预期变化证实;2)单细胞分裂过程中发生的非整倍体事件与基因表达量密切相关;3)在单个细胞内,gDNA和mRNA的单核苷酸变异具有较高的一致性;4)发现了一种以前不为人知的融合和导致融合的染色体重排。
Fuchs Weizman, N。et al。为了改善胚胎的优先次序:平行的下一代测序的DNA和RNA从一个滋养外胚层活检。科学。代表。9,2853(2019)。
作者创建了一种临床适用的方法,称为非整倍体和转录组植入前基因检测(PGT-AT),该方法准备4-6个营养外胚层细胞的活检,用于同时进行DNA和rna测序,以确定倍体状态和转录组谱。本研究采用了Takara Bio的两种金标准技术:SMART-Seq化学从全长mRNA中制备cDNA文库,PicoPLEX化学用于细胞裂解、全基因组扩增和文库制备。除了在同一囊胚上进行的标准ptt - a方法和ptt - at方法之间实现了CNV检测的100%一致性之外,他们还发现整倍体样本中调控基因表达和能量代谢的途径被下调。作者表示,转录组分析方面可以安全地引入当前临床ptt - a工作流程,这样做可以极大地提高我们的胚胎优先排序能力。
Tortoriello, D. V., Dayal, M., Beyhan, Z., Yakut, T. & keskinintepe, L.对不同分子遗传筛选平台的人囊胚的再分析表明,倍性状态存在显著的不一致性。J.协助。天线转换开关。Genet。33岁的1467 - 1471(2016)。
作者重新分析了返回异常ptt - a结果的胚泡,以确定由不同实验室运行的不同分析的可靠性。他们检查了由两个不同的PGS实验室使用aCGH或SNP阵列(第一次活检/实验室)和SNP阵列或NGS(第二次活检/实验室)分析的第一轮和第二轮滋养外胚层活检之间的一致性水平。对于NGS,采用PicoPLEX技术进行WGA。混乱的结果,包括正常的核型或第二次活检的性别差异的结果,不能确定是否缺乏一致性是由于镶嵌,平台之间的差异,或人为错误。作者建议定期进行独立监督,以验证测试的性能和准确性。