克服测试开发过程中的障碍,改善农村医院COVID-19检测(5分钟)
当传统的RNA提取方法没有切割IT延长的周转时间并限制印第安纳区域医疗中心博士的Covid-19测试的能力。IUP的生物科主席Bharathan,他的实验室正在使用Takara Bio的Primedirect探针组合进行快速,敏感的抽取协议。
快速、可靠、大规模检测新出现的冠状病毒SARS-CoV-2对控制COVID - 19大流行至关重要。一种有效的SARS-CoV-2检测方法必须能够以简化样品制备和处理以减少污染风险的流线方案仅检测少量病毒副本,并提供快速、准确和可重复的结果,并能够每天处理大量样品。
实时定量PCR (Real-time quantitative PCR, RT-qPCR)是基因表达分析的有力工具,是多种病毒检测方法的基础。目前已有许多基于rt - qpcr的专门检测方法,可用于制定有效的SARS-CoV-2检测方案。一步RT-qPCR允许高效,特异性的cDNA合成和扩增在一个管,减少样品处理时间和最大限度地减少污染的风险。直接RT-qPCR允许从原始的生物样本中直接检测病毒,在保持准确性和敏感性的同时,消除了耗时的RNA纯化的需要。自动化、高通量SARS-CoV-2检测使大规模样品处理具有精度、重现性和速度。
当首次发现SARS-CoV-2时,Takara Bio的一步式PrimeScript RT-qPCR技术被用于开发首个SARS-CoV-2筛查试验(Zhu et al. 2020)。这些高质量的试剂,在ISO 13485:2016条件下生产,已在联邦药品管理局(FDA)颁发的多个紧急使用授权中使用Ipsum诊断,有限责任公司那哈肯萨克大学医学中心,LifeHope实验室COVID-19测试。我们的RT-qPCR试剂盒,包括One Step PrimeScript III RT-qPCR Mix,这是市场上最敏感的一步式RT-qPCR主混合,与已建立的引物一起继续在全球范围内使用,用于检测SARS-CoV-2至5个病毒拷贝(图1)。
图1所示。可靠检测SARS-CoV-2在5,50,500,5,000,50,000拷贝一步RT-qPCR试剂盒.这些数据是由Takara Bio利用CDC的公开协议生成的。这些数据还没有得到CDC的验证。
此外,与其他一步RT-QPCR解决方案相比,两个独立研究中的研究人员证实了一步法初始化III RT-QPCR混合物的卓越性能:
2020年4月bioRxiv纸那棕色(的)et al。来自大奥蒙德街医院(NHS,伦敦,英国)的研究人员进行了比较一步PrimeScript III RT-qPCR Mix向三家主要竞争对手进行测试,以测试对SARS-CoV-2检测的兼容性和敏感性。作者表明此套件的检测限度下降10至100倍,比竞争对手的解决方案大.他们还证明了PrimeScript III一步RT-qPCR灵敏度的提高减少了假阴性的数量。本研究还对所有混合溶液的整体反应速度进行了比较,结果表明,PrimeScript III One Step RT-qPCR Mix在灵敏度和速度上都优于其他一步RT-qPCR溶液。
2020年7月medRxiv纸, Reijnset al。来自爱丁堡大学,也发现,在对患者样品上进行多重反应时,一步法初名III RT-QPCR混合物呈现出优异的敏感性。批判性地,他们报告说,这种混合物能够使用竞争对手试剂盒检测以前发现负阴性的样品中的病毒RNA。此外,他们报告说,使用Takara Bio Mix开发的测定是其他套件的价格为1/10。这些数据强化了我们对SARS-COV-2检测混合的卓越性能和价值。
我们的直接RT-QPCR混合物可以直接用多种类型的生物样品使用,无需RNA净化,节省有价值的时间和资源。用于SARS-COV-2的直接单步RT-QPCR混合物专为未纯化的唾液样本而设计,使得能够精确一步的RT-QPCR检测病毒的存在和量。整个RNA提取的方案需要不到1小时,并且可用于一次处理许多样品(图2,面板A)。由于该混合物基于极敏感的步骤原始III RT-QPCR混合,因此可以预期它提供可比灵敏度。在一系列靶RNA拷贝数(图2,面板B)中,确认了具有未纯化的唾液样品的SARS-CoV-2的直接一步法对SARS-COV-2混合物的性能。
图2。这SARS-CoV-2的直接一步PrimeScript RT-qPCR Mix使用一个简单的3步方案检测唾液样本中的SARS-CoV-2的一系列目标RNA拷贝数。面板。我们的简单协议不到一小时就完成了。面板B。采用Direct One-Step PrimeScript RT-qPCR Mix for SARS-CoV-2方案,对添加SARS-CoV-2 N1和N2区域合成RNA的未纯化唾液样品进行处理,并对这些靶点和阳性对照人RNase P (RP)进行阳性检测。
直接RT-qPCR从各种生物样本,如病毒、细菌、培养细胞、全血和粪便样本,是可能的PrimeDirect Probe RT-qPCR Mix.使用该技术开发了许多用于SARS-COV-2检测的协议指南。Lübke.et al。他们的简单描述SARS-CoV-2检测协议在《临床病毒学杂志》上发表的一篇论文中,使用PrimeDirect Probe RT-qPCR Mix对呼吸道样本进行了检测。
这Smartchip实时PCR系统自动化SARS-COV-2检测,允许处理大量样品,具有精确,再现性和速度。它最大限度地减少了误报和否定,准确地将成绩单捕获到单位数拷贝数,减少了动手时间,并最大化每天处理的样品数量。该系统是一种完整的解决方案,包括芯片和试剂,允许每天处理数千个样本。5,184孔芯片的每个孔保持纳米凝级反应体积,消除了降低可变性和降低成本的前置放大器步骤。
我们已经从SmartChip Real-Time PCR系统中获得了概念验证数据,表明对人类RNase P和病毒核衣壳基因的检测是敏感和可重复的。此外,我们还开发了一种内部智能芯片协议来检测SARS-CoV-2。注册观看描述完整数据集的网络研讨会。
如resistance map联合创始人兼首席执行官Windi Muziasari博士在网络研讨会上所述,SmartChip Real-Time PCR系统已被用于检测和量化废水中的抗生素耐药基因和SARS-CoV-2,这可以揭示COVID-19传播的重要信息。注册观看网络研讨会并学习如何操作。
当传统的RNA提取方法没有切割IT延长的周转时间并限制印第安纳区域医疗中心博士的Covid-19测试的能力。IUP的生物科主席Bharathan,他的实验室正在使用Takara Bio的Primedirect探针组合进行快速,敏感的抽取协议。
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