为你的检测方法选择最好的样品准备方法
基于核酸的方法用于检测各种样品类型中的病毒和细菌病原体,包括临床研究和环境样品。检测方法的准确性和效率如实时定量PCR(RT-QPCR)分析和基于PCR的基因分型通常难以纯化从待分析的样品中的高质量RNA和DNA。重要的是选择一种适用于给定样品类型和生物的纯化方法,简单且快速,以避免显着增加完成检测测定所需的时间,并且适用于所处理的样品数量和样品数量。
以二氧化硅膜和磁珠为基础的技术允许使用手动或自动处理在各种吞吐量的病毒和微生物核酸的快速纯化。这些技术已被纳入适用于各种样品的多功能工具包,以及专门设计用于特定净化格式和样品类型的工具包,如粪便、土壤和水样,其中含有难以溶解的微生物。另外,一些RT-qPCR方法非常适合从粗提物中进行小规模检测,完全不需要先前的DNA或RNA分离。
请参阅以下相关示例并查看我们的相关示例选择指南为您的应用找到最佳的核酸纯化试剂盒。
请注意,machery - nagel核酸纯化产品仅在北美、印度和日本的Takara Bio提供。
准备临床研究样本进行病毒检测
Takara Bio提供硅膜和磁珠和磁珠基的技术,用于从无细胞体液如血清或血浆,血液,均质组织和粪便样品悬浮液中纯化病毒核酸,以及用拭子洗涤核盈宝RNA病毒和NucleoMag病原体套件。两种套件都包含简单,快速的裂解程序,使得能够有效地分离来自RNA和DNA病毒的核酸,而核磁病原体为提取细菌DNA提供了额外的多功能性。然后分别萃取核酸分别与硅膜或顺磁珠结合,经受顺序洗涤步骤,并在低盐条件下洗脱。虽然核源硅胶膜技术可用于单预备和多预备格式(Nucleospin 8/96病毒套件S.)针对不同的吞吐量需求,主要开发了NucleoMag病原体试剂盒,用于在许多常见的自动化平台上进行高吞吐量处理。下表比较了这三种工具包的特点。
核盈宝RNA病毒 | Nucleospin 8/96病毒* | NucleoMag病原体 | |
---|---|---|---|
技术 | 硅膜 | 硅膜 | 磁珠 |
格式 | 微型旋转列 | 8孔条/ 96孔板 | 高度反应性超顺磁珠 |
处理 | 小型手动处理 | 高吞吐手动或自动化处理* | 高通量手动或自动化处理 |
起始物料 | 150µl | 150µl | < 200µl (prep是完全可伸缩的) |
片段大小 | 100 BP-30 KB | 100 BP-30 KB | 300 bp-〜50 kb |
洗脱体积 | 50µl | 70-100μl. | 50 - 100µl |
准备时间 | 30分钟/ 4-6准备 | 60分钟/ 6条带 60分钟/板 |
45-120 Min / 96准备 (例如,翠鸟45分钟) |
* Nucleospin 8病毒和核源96病毒被用于通过离心机或真空进行手动样品处理。Nucleospin 8/96病毒核心试剂盒排除了手动使用所需的组件,主要用于真空下的自动样品加工。
这些试剂盒可产生高质量的病毒核酸,可用于多种样本类型的检测分析。它们能够从鼻咽和口咽拭子、痰液和其他体液等临床研究样本中有效分离病毒核酸。我们提供从这些类型的样品中核酸分离的指导方针适用于SARS-COV-2研究应用。核源RNA病毒试剂盒还被证明与HCV,HIV,HPV,禽流感病毒和蓝病毒一起使用,并且可用于纯化HBV DNA以添加蛋白酶K消化步骤。核磁病原体试剂盒还可以纯化来自各种病毒和细菌的核酸。显示出优于竞争对手的竞争对手,以使基于PCR的五种常见病原体(Norovirus,艰难梭状芽胞杆菌在两个试剂盒中用于从粪便样品中提取核酸后,Astrovirus,腺病毒和轮状病毒(图1)。
环境样品中微生物DNA和RNA的分离
Takara Bio还提供了专门的试剂盒,可以有效地从水、空气和土壤等环境样本中分离病毒核酸。磁bead-based核酸/RNA水试剂盒能够从不同的水和空气样本中高效、高通量分离DNA和RNA。该方案采用陶瓷珠均质,以优化裂解和有效去除抑制化合物,以确保下游检测的最佳性能。该多功能试剂盒可以通过PCR检测多种水和空气样品中的微生物DNA(图2)。
其他套件,如核常忍土壤和NucleoSpin RNA凳子,可用于从水样中分离病毒核酸。我们提供一般建议用于从水样中分离病毒核酸,如SARS-CoV-2 RNA。
粗提物中病原菌的直接检测
直接RT-qPCR可用于从各种原始生物样品中直接检测病原体,无需RNA纯化。我们的PrimeDirect Probe RT-qPCR Mix可用于直接RT-QPCR检测,因为它对各种PCR抑制剂如肝素(血液)和腐殖酸(土壤)具有高度抗性。该主混合物用于进行高度敏感的荧光探针的测定,可以在单管中直接一步检测,显着减少动手时间和污染风险。使用该混合物进行的H1N1测定显示出高度敏感,检测鼻腔拭子样品和唾液样品中病毒的20份,并且来自口腔样品的两份(图3)。
Takara Bio还提供了SARS-CoV-2的直接一步RT-qPCR混合,一种专门的一步RT-QPCR主混合物,允许在简单的快速方案中直接检测来自未纯化的唾液样品 - 只需混合样品和预处理试剂,热处理,然后与RT-结合。QPCR主混音。通过检测到预处理的整个协议需要不到一小时,并且包括多路复用SARS-COV-2检测的准则。该主混合物基于特殊敏感的一步Primescript III RT-QPCR混合物,可在粗唾液样品中提供可靠地检测SARS-COV-2 RNA。
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