为您的样品选择正确的检测方法
利用实时定量PCR (RT-qPCR)和PCR基因分型检测病毒和微生物病原体的快速、准确和可扩展的方法对预防和控制传染病暴发至关重要。这些PCR技术的多功能性使开发新方法成为可能,这些新方法适用于特定类型的生物体和样品处理要求。
针对各种病原体开发了专门的RT-qPCR和基于pcr的检测方法,包括SARS-CoV-2等呼吸道病毒、存在于水和土壤样本中的耐抗生素和致病细菌,以及可以摧毁作物的植物病原体。优化的方案可用于处理特定样本类型,包括临床研究样本(如唾液、拭子洗涤液和粪便悬液)以及环境和农业样本,以及直接从各种粗样本检测。小规模检测方法适用于许多目的,而自动化、高通量检测方法是大规模研究的理想选择,可以通过增加快速和准确筛查的可用性,在控制疾病暴发方面发挥重要作用。
利用基于rt - qpcr的检测能力和通用性
基于rt - qpcr的方法为高效、特异、灵敏地检测包括SARS-CoV-2在内的多种病毒和细菌病原体奠定了基础。一步法RT-qPCR采用一种快速、简单的方法,使逆转录和qPCR反应在同一试管中进行,降低了污染的风险,并提供了敏感、可靠的结果。我们的一步式PrimeScript RT-qPCR技术用于开发SARS-CoV-2的首次筛选试验(Zhu et al. 2020),我们的RT-qPCR试剂盒包括One Step PrimeScript III RT-qPCR Mix,这是目前最敏感的一步式RT-qPCR主混合,在全球范围内使用SARS-CoV-2检测只有五份病毒拷贝
基于rt - qpcr检测的易用性和效率可能会受到在进行检测之前需要净化病毒和细菌RNA和DNA的限制。然而,通过使用对肝素(血液)和腐殖酸(土壤)等PCR抑制剂具有抗性的特殊反应混合物,直接对粗样品进行RT-qPCR,可以消除这一耗时的核酸纯化步骤。我们的PrimeDirect Probe RT-qPCR Mix,可用于在病毒,细菌和其他粗糙生物样品上进行直接RT-QPCR(图1),能够检测鼻腔拭子样品和唾液样品中的少至20份H1N1拷贝,以及来自口腔的2份拭子样本。我们的SARS-CoV-2的直接一步RT-qPCR混合已证明可直接从粗唾液样本中检测出可靠的SARS-CoV-2。
图1所示。直接RT-qPCR检测粗生物样品PrimeDirect Probe RT-qPCR Mix.
使用自动化、高通量RT-qPCR检测病原体
控制疾病爆发取决于检测来自大量样品的病毒和微生物病原体,具有精确,可重复性和速度。我们的SmartChip Real-Time PCR系统(图2)是一种自动化的高通量qPCR系统,可以最大限度地减少假阳性和阴性,准确地捕获转录本,精确到个位数拷贝数,减少动手时间,并最大限度地增加每天处理的样品数量。它已经被用于自动化SARS-CoV-2检测,以及屏幕为耐药细菌来自肥料、污水、土壤、沉积物、污泥、水和医院空调过滤器等来源。
要了解详细信息,请观看我们关于使用智能芯片系统的网络研讨会检测SARS-CoV-2和检测和量化废水中的抗生素耐药基因和SARS-CoV-2.
![](http://www.yamajr.com/applications/pathogen-detection/images/900-Special_Topics/908-Areas-of-Interest/CC-TechFigs/SmartChip-system.jpg)
图2。SmartChip Real-Time PCR系统工作流程。将样品和分析添加到SmartChip MyDesign Kit中,然后使用SmartChip Real-Time PCR系统进行分析。
使用基于PCR的基因分型筛选细菌病原体
将致病菌株与其他相关亚种区分开来的能力对于开发一种有效的筛选方法至关重要,这种方法可以用来确定细菌是如何传播的,以防止或控制传染病爆发。基于pcr的基因分型技术可以扩增和检测密切相关菌株之间的基因变异,从而准确地识别细菌病原体。
Xu等人开发了一种基于pcr的基因分型快速、准确的检测方法,以识别引起Stewart's Wilt(一种感染玉米作物的严重细菌性疾病)的细菌。观看视频学习如何钛TaqDNA聚合酶用来区分该病原体与几个相关菌株。
PCR基因分型方法还用于使用多重PCR分析来筛选用于水性疾病,钩端螺旋体病的环境样品豆类Taq交货HS DNA聚合酶利用16S rRNA靶点检测细菌,他们通过NGS分析(Sato et al. 2019)。使用了类似的程序PrimeSTAR HS DNA聚合酶检测同一环境样本中脊椎动物的12S rRNA,以了解哪些脊椎动物更可能窝藏钩端螺旋体细菌.研究中使用的多重PCR方法帮助确定钩端螺旋体通过展示环境如何影响这种病原体的发展,以及它如何与宿主/携带者相互作用,就可以发生疫情.
参考文献
- 佐藤,Y。et al。环境DNA元编码检测病原钩端螺旋体和乳化梭菌性症 - 日本特有地区的相关生物。科学。代表。9,1 - 11(2019)。可用于:https://www.nature.com/articles/s41598-019-42978-1
- Xu R., Chen Q., Xu R., Chen Q., and Tambong, J. T., et al .Pantoea stewartii副。stewartii.吧。苹果。微生物。50,216-222(2010)。可用于:https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1472-765x.2009.02780.x
- 朱,N。et al。一种新型冠状病毒来自2019年中国肺炎患者。ENGL。J.Med。NEJMOA2001017(2020)。可用于:https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001017
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