单一癌细胞分析
癌症细胞的关键基因组改变可能是结构上的,包括基因/基因组部分的缺失、易位或放大,或者像突变一样影响DNA序列本身。癌症进展可由这些驱动突变的克隆扩增和选择引起,导致肿瘤DNA特征的大量恶性改变。NGS的最新进展使单个肿瘤细胞的基因组图谱成为可能,允许系统地记录癌症细胞突变的DNA组成;跟踪克隆和亚克隆的异质性、生成和系统发育;以及在单细胞水平上监测抗癌治疗的效果(Van Loo和Voet, 2014)。肿瘤细胞的复杂性和异质性也体现在转录组水平上,其中基因组异质性反映在癌细胞、癌症持续性细胞和循环肿瘤细胞(ctc)的转录组内的单细胞变异。
研究来自诸如癌症泄漏细胞和CTC的贵重样品的单细胞需要非常敏感和可重复的方法。因此,来自单肿瘤细胞的RNA转录变异的准确捕获和定量仍然是一个重大挑战,但允许研究人员对肿瘤复杂性的洞察力,并最终有助于制定量身定制的抗癌疗法(Zhu等,2017)。
突出产品
单细胞基因组测序
PicoPLEX编剧协会和DNA-SEQ套件,以及新的PicoPLEX金单细胞dna测序试剂盒,使用我们专利的PicoPLEX技术进行单细胞全基因组扩增,使用多周期准随机引物构建可重复的文库,适用于Illumina平台测序。事实上,我们的PicoPLEX技术允许精确公正的分析在癌症研究的许多应用中,包括染色体非整倍体、拷贝数变异(CNVs)、单核苷酸变异(SNVs)和插入/删除检测的研究(图1)。许多论文引用了PicoPLEX技术用于高性能CNV分析,FFPE肿瘤组织和ctc的单细胞基因组图谱。此外,我们的PicoPLEX技术是最近开发的单细胞基因组和转录组测序方法(G&T-seq;Babayan等人2017年,Cayrefourcq等人2015年,Lieselot等人2017年,Macaulay等人2015年,Morrow等人2016年,Premasekharan等人2016年,Williamson等人2016年)。
![CNV检测使用Picoplex Gold](http://www.yamajr.com/applications/cancer-research/images/400-NGS/CC-TechFigs/PicoPLEX-Gold_DNA_04_T.gif)
图1.使用Picoplex金单细胞DNA-SEQ试剂盒在两个单独细胞中检测到的CNV。日志2来自单个NCI-H929细胞的50-kB槽中读数的总数的比例,如图A中的一个电池和面板B中的第二个电池。红色杆代表副本数量,而蓝色条表示损耗。每个面板中的图表的顶行描绘了控制批量样本测序为9000万读对的深度。即使在浅序列深度(2.5-850万读对成对)下,皮皮器黄金套件的高度可重复覆盖能够精确地检测小于100 kB的结构变体。
通过利用我们的专利智能SEQ技术,我们一直处于单细胞mRNA-SEQ研究的最前沿,以提供NGS套件,以获得从单个细胞获得全长mRNA序列信息,包括剪接结符/替代转录信息的全长mRNA序列信息.我们的第四代SMART-Seq v4超低输入RNA测序试剂盒和高通量SMART-Seq HT工具包代表了我们对单个细胞、少数细胞和超低RNA输入的最敏感的mRNA-seq溶液。这些试剂盒依赖于oligo(dT)引物和专有的SMART (RNA模板5'端开关机制)技术,以确保全长、无偏倚的mRNA覆盖。完整的细胞可以直接作为这些试剂盒的输入,保证高质量的输入RNA和全长cDNA覆盖。我们的SMART-Seq v4技术现在也完全集成到阿波罗图书馆预备系统和ICELL8单细胞系统,我们先进的自动化高通量单细胞分析平台。此外,许多出版物引用了我们的SMART-Seq解决方案在各种癌症应用中的单细胞RNA-seq,包括分析肿瘤细胞和肿瘤浸润免疫细胞,分析癌症干细胞异质性,识别抗治疗的肿瘤细胞克隆,同时测序癌细胞的基因组和转录组(Chung et al. 2017, Chiu et al. 2018, Han et al. 2018, Kim et al. 2015, and Zheng et al. 2018)。
最后,SMART-SEQ搁浅的套件能够在单细胞级别上生成与illumina兼容的序列就绪库。该试剂盒结合了我们的SMART-Seq v4技术的特点和我们参考的SMARTer Stranded Total RNA- seq kit v2 - Pico Input Mammalian kit的独特特点,适用于从picg输入量的肿瘤总RNA(包括来自肿瘤样本的非常降解的FFPE样本)制备文库。
引用使用Smart-SEQ解决方案的单细胞RNA-SEQ和Picoplex解决方案在各种癌症应用中使用Smart-SEQ解决方案的参考文献和出版物
Babayan,。等等。单癌细胞全基因组扩增与下一代测序性能的比较研究。Oncotarget8,56066 - 56080(2017)。
Cayrefourcq, L。等等。人循环结肠癌细胞系的建立与鉴定。癌症Res。75,892 - 901(2015)。
Chiu,H. S.等等。lncRNA调控的泛癌分析支持其在每个肿瘤背景下的癌症基因靶向。细胞的代表。23日,297 - 312(2018)。
钟,W.等等。单细胞RNA-seq能够在原发性乳腺癌中进行全面的肿瘤和免疫细胞分析。自然通讯。8,15081(2017)。
汉族,k . Y。等等。SIDR:从单个细胞中同时分离基因组DNA和总RNA并进行平行测序。基因组Res。28日,75 - 87(2018)。
金,K.T.等等。单细胞mRNA测序鉴定肺腺癌细胞抗癌药物反应的亚克隆异质性。基因组医学杂志。16日,127(2015)。
Lieselot D。等等。四种现代全基因组扩增方法在单个细胞中检测拷贝数变异的性能。科学。代表。7,3422(2017)。
麦考利,即C。等等。G&T-seq:单细胞基因组和转录组的平行测序。自然方法12,519 - 522(2015)。
明天,C. J.等等。致瘤性非小细胞肺癌间充质循环肿瘤细胞:临床病例研究。安。肿瘤防治杂志。27日,1155 - 1160(2016)。
Premasekharan G。等等。与下游基因组学配对的改进CTC隔离方案:展示转移前列腺,肺癌和胰腺癌的临床效用。癌症字母380年,144-152(2016)。
癌症基因组的单细胞分析。当前的舆论遗传学与发展24日,82 - 91(2014)。
威廉姆森,s . C。等等。小细胞肺癌血管源性模拟。自然通讯。7,13322(2016)。
郑,H。等等。单细胞分析显示肝细胞癌中肿瘤干细胞的异质性。肝脏病学DOI:10.1002 / HEP.29778(2018)。
朱,S。等等。单细胞RNA测序及其在癌症研究中的应用进展。Oncotarget16日,53763 - 53779(2017)。
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