FFPE组织RNA-SEQ的更智能方法
FFPE样品:一把双刃剑
组织银行是材料的一种有价值的来源,但它们在RNA测序实验效用已被有限的,由于许多这些样品的是福尔马林固定的和石蜡包埋(FFPE)。这种保存方法已被证明是推动基因研究是至关重要的:通过允许样品进行归档长期不用专门的存储设备,研究人员能够追溯审查大量的组织样本的基因表达变化。然而,在核酸严重退化此固定过程的结果,并呈现FFPE样品用于RNA-SEQ一个具有挑战性的源材料。
这些困难促使我们发展更智能股线总RNA-SEQ套件V2 - PICO输入哺乳动物(以下称为“PICO V2”),它利用我们专有的模板切换智能技术,使得能够使用任何质量的250 pg输入RNA(看看下面的工作流程).我们的Pico v2试剂盒与几个竞争对手的试剂盒进行了FFPE样品的rna测序头对头比较。剧透警告:我们成功通过了!
所面临的挑战
在2018年ABRF上,Tighe小组(佛蒙特大学)展示了数据,他们使用人类甲状腺肿瘤FFPE样本(n = 6)来生成RNA-seq数据。作者分析了我们的试剂盒(Pico v2)与两个竞争对手的试剂盒(Diagenode CATS Total RNA- seq kit V2I和X Total RNA Library Prep kit V1)的性能,直接比较了各种测序质量指标(表2)以及成绩单覆盖率(图2和3).
胜利者
所有三个试剂盒在总数量、rRNA和过滤reads的数量上都显示出每个样本的可变性;然而,在所有6个样本中,我们的Pico v2试剂盒检测到最多的转录本,比最接近的竞争对手(中位数为143%)高出763%,且具有更高的表达谱分析效率(表2).此外,在六分之五分的情况下,我们的套件表现出最高的唯一映射原始读取次数和唯一个短片段,以及最高的外显子率。虽然我们的微微V2包只有2出的6个样品中最低的重复率,我们注意到,重复率是通过读取深度的影响,并且因此,在重复数据删除率差异的情况下,预计。综上所述,这些结果表明,我们的套件的表现是严重的RNA降解和低样品的影响最小质量的一个关键指标,因为FFPE样品的高度变异性。
Pico v2试剂盒在高表达和低表达的转录本中也显示了较好的转录本覆盖率(图2和3分别)。我们的试剂盒显示了更均匀的高表达和低表达转录本的覆盖率(平均覆盖率约为30X),特别是与竞争对手的试剂盒相比,后者表现出对3'末端转录本的显著偏见。
外带
尽管由于严重的核酸降解,FFPE组织样本的RNA测序存在困难,但FFPE组织样本仍将是遗传研究的重要样本来源。的更智能股线总RNA-SEQ套件V2 - PICO输入哺乳动物通过提供更优的转录本检测和表达谱分析效率、更大的唯一映射reads和测序样品最高的外显子率,在面对面的竞争中回答这些挑战。
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